| 查看: 683 | 回复: 5 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
用perl程序将fq文件的序列行反向输出 已有4人参与
|
|||
|
本人实属perl小小白一枚 现遇到生信方面的一个问题 需要将fastq文件中含序列的行做反向处理，其他行不动，最后输出 这里有师兄帮我写的代码 但是在Linux下运行总是提示错误 大牛能否帮忙一看，小小白不胜感激！ 首次接触木虫，金币为0，攒了金币后会送给帮助我的牛牛们！ 大谢~ 举个栗子 @HWI-ST833:306:C7AYCACXX:1:1101:1491:2080#0/1 CGCTGAGAATGAGCCCCGTGTGGTTGGTGCGCGGACACGCACTGCCTGCGTAACTAGAGGGAGCTGACGGATGACGCCCCCGCGCCACGCCGCT + CCCFFFFFHHHGHJJJJJFHGIJHIJJDGHHIJJIHIJHHGFFEEEEEED?BDDEDDDDDDBDDDDDDDDBBDDDBDDDDDDDDDDDDDDDDDD 这是fq文件的某条数据，需要取出第二行（序列行），反向（TCGCCGCA……AAGAGTCGC），其他行不动，输出酱紫的： @HWI-ST833:306:C7AYCACXX:1:1101:1491:2080#0/1 TCGCCGCA……AAGAGTCGC + CCCFFFFFHHHGHJJJJJFHGIJHIJJDGHHIJJIHIJHHGFFEEEEEED?BDDEDDDDDDBDDDDDDDDBBDDDBDDDDDDDDDDDDDDDDDD 代码如下： #!/usr/bin/perl use warnings; open (FASTQ,'XXX.fastq'); while (<FASTQ> ) { my $tmp1=$_; chomp($tmp2); my $tmp2=<FASTQ>; chomp($tmp2); my @seq=split//,$tmp2; @seq=reverse @seq; my $s=join"",@seq; my $tmp3=<FASTQ>; chomp($tmp3); my $tmp4=<FASTQ>; chomp($tmp4); my @quality=split//,$tmp4; @quality=reverse @quality; my $q=join"",@quality; print "$tmp1\n$s\n$tmp3\n$q\n"; } close FASTQ; Linux提示的错误： Name "main::tmp2" used only once: possible typo at reverse.pl line 6. readline() on closed filehandle FASTQ at reverse.pl line 4. 感谢牛牛的帮助~~ |
回复此楼» 猜你喜欢
299求调剂
已经有8人回复
-
一志愿北京理工大学本科211材料工程294求调剂
已经有6人回复
-
300求调剂，材料科学英一数二
已经有8人回复
-
招收生物学/细胞生物学调剂
已经有5人回复
-
070305高分子化学与物理 304分求调剂
已经有7人回复
-
289求调剂
已经有13人回复
-
一志愿哈尔滨工业大学材料与化工方向336分
已经有9人回复
-
081200-11408-276学硕求调剂
已经有6人回复
-
调剂求院校招收
已经有5人回复
-
调剂310
已经有8人回复
4楼2015-10-13 20:04:49
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
本帖内容被屏蔽 |
2楼2015-10-03 20:40:12
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
本帖内容被屏蔽 |
3楼2015-10-03 20:46:08
glssg
木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 1973.5
- 散金: 343
- 红花: 2
- 帖子: 846
- 在线: 189.8小时
- 虫号: 1962301
- 注册: 2012-08-29
- 性别: GG
- 专业: 肿瘤学
5楼2015-10-14 08:04:00
