24小时热门版块排行榜

南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

硫酸铜oO

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 3.5
帖子: 1
在线: 47分钟
虫号: 3197557
注册: 2014-05-11

[交流] 用perl程序将fq文件的序列行反向输出已有4人参与

本人实属perl小小白一枚
现遇到生信方面的一个问题
需要将fastq文件中含序列的行做反向处理，其他行不动，最后输出
这里有师兄帮我写的代码
但是在Linux下运行总是提示错误
大牛能否帮忙一看，小小白不胜感激！
首次接触木虫，金币为0，攒了金币后会送给帮助我的牛牛们！
大谢~

举个栗子
@HWI-ST833:306:C7AYCACXX:1:1101:1491:2080#0/1
CGCTGAGAATGAGCCCCGTGTGGTTGGTGCGCGGACACGCACTGCCTGCGTAACTAGAGGGAGCTGACGGATGACGCCCCCGCGCCACGCCGCT
+
CCCFFFFFHHHGHJJJJJFHGIJHIJJDGHHIJJIHIJHHGFFEEEEEED?BDDEDDDDDDBDDDDDDDDBBDDDBDDDDDDDDDDDDDDDDDD

这是fq文件的某条数据，需要取出第二行（序列行），反向（TCGCCGCA……AAGAGTCGC），其他行不动，输出酱紫的：
@HWI-ST833:306:C7AYCACXX:1:1101:1491:2080#0/1
TCGCCGCA……AAGAGTCGC
+
CCCFFFFFHHHGHJJJJJFHGIJHIJJDGHHIJJIHIJHHGFFEEEEEED?BDDEDDDDDDBDDDDDDDDBBDDDBDDDDDDDDDDDDDDDDDD

代码如下：
#!/usr/bin/perl
use warnings;
open (FASTQ,'XXX.fastq');
while (<FASTQ> ) {
my $tmp1=$_;
chomp($tmp2);
my $tmp2=<FASTQ>;
chomp($tmp2);
my @seq=split//,$tmp2;
@seq=reverse @seq;
my $s=join"",@seq;
my $tmp3=<FASTQ>;
chomp($tmp3);
my $tmp4=<FASTQ>;
chomp($tmp4);
my @quality=split//,$tmp4;
@quality=reverse @quality;
my $q=join"",@quality;
print "$tmp1\n$s\n$tmp3\n$q\n";
}
close FASTQ;

Linux提示的错误：
Name "main::tmp2" used only once: possible typo at reverse.pl line 6.
readline() on closed filehandle FASTQ at reverse.pl line 4.

感谢牛牛的帮助~~

回复此楼