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用perl程序将fq文件的序列行反向输出 已有4人参与
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本人实属perl小小白一枚 现遇到生信方面的一个问题 需要将fastq文件中含序列的行做反向处理，其他行不动，最后输出 这里有师兄帮我写的代码 但是在Linux下运行总是提示错误 大牛能否帮忙一看，小小白不胜感激！ 首次接触木虫，金币为0，攒了金币后会送给帮助我的牛牛们！ 大谢~ 举个栗子 @HWI-ST833:306:C7AYCACXX:1:1101:1491:2080#0/1 CGCTGAGAATGAGCCCCGTGTGGTTGGTGCGCGGACACGCACTGCCTGCGTAACTAGAGGGAGCTGACGGATGACGCCCCCGCGCCACGCCGCT + CCCFFFFFHHHGHJJJJJFHGIJHIJJDGHHIJJIHIJHHGFFEEEEEED?BDDEDDDDDDBDDDDDDDDBBDDDBDDDDDDDDDDDDDDDDDD 这是fq文件的某条数据，需要取出第二行（序列行），反向（TCGCCGCA……AAGAGTCGC），其他行不动，输出酱紫的： @HWI-ST833:306:C7AYCACXX:1:1101:1491:2080#0/1 TCGCCGCA……AAGAGTCGC + CCCFFFFFHHHGHJJJJJFHGIJHIJJDGHHIJJIHIJHHGFFEEEEEED?BDDEDDDDDDBDDDDDDDDBBDDDBDDDDDDDDDDDDDDDDDD 代码如下： #!/usr/bin/perl use warnings; open (FASTQ,'XXX.fastq'); while (<FASTQ> ) { my $tmp1=$_; chomp($tmp2); my $tmp2=<FASTQ>; chomp($tmp2); my @seq=split//,$tmp2; @seq=reverse @seq; my $s=join"",@seq; my $tmp3=<FASTQ>; chomp($tmp3); my $tmp4=<FASTQ>; chomp($tmp4); my @quality=split//,$tmp4; @quality=reverse @quality; my $q=join"",@quality; print "$tmp1\n$s\n$tmp3\n$q\n"; } close FASTQ; Linux提示的错误： Name "main::tmp2" used only once: possible typo at reverse.pl line 6. readline() on closed filehandle FASTQ at reverse.pl line 4. 感谢牛牛的帮助~~ |
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2楼2015-10-03 20:40:12
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