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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 关于测序结果比对的问题
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11月的葫芦

木虫 (著名写手)

[求助] 关于测序结果比对的问题 已有3人参与

我之前做实验提取了一段核酸PCR后，把PCR结果送到公司测序，测序完成的结果用NCBI上的blast进行了序列比对，结果如下面的图表示。
我的问题是怎么看哪条序列与我提供的同源性比较高，怎么看，可不可以判断分型？
由于第一张图看不清楚，上传了后面2张，第二张图是第一张的左侧结果，第三张图是第一张的右侧结果

关于测序结果比对的问题
序列比对.jpg
关于测序结果比对的问题-1
序列比对.jpg
关于测序结果比对的问题-2
序列比对.jpg
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不要后悔
1楼 2015-09-18 17:38:11
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冰悦泪tear

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
ident就是同源性，很高啊，98%了

发自小木虫IOS客户端
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2楼2015-09-18 17:53:58
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helios_hj

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-09-18 22:27:33
Max score 得分最高就是同源性最高的序列
老外的思维很简单，排第一的就是同源最高的序列，很明显你这是hepatitis B virus
百度下有很多关于NCBI如何Blast的方法
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Ifyouthinkyoucan,youcan!!!
3楼2015-09-18 20:55:37
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renzhiq

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
首先，你肯定是新手。
再者，测序公司反回来的结果不可以直接用来blast，因为前后两段都测不准，要参照测序的原始图谱选择测序可靠的部分来blast
如果还有疑问可以联系我，想要确定分型，还要结合其他的数据，不能简单的有这个数据就定分型，不然有可能会吃大亏的……

发自小木虫Android客户端
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4楼2015-09-19 00:02:23
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