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tiani_tan

金虫 (小有名气)

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[求助] SSR多态性片段大小范围已有1人参与

请教一个问题：SSR引物筛选多态性，跑胶时对于PCR产物大小有没有限制？导师只要多态性在100-300bp范围内？这个是什么依据？

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nimaquzhen

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1楼 2015-09-12 20:11:11

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蜈蚣出门

铜虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
tiani_tan: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 非常感谢，懂了！！ 2015-09-13 22:08:49

SSR重复序列motif一般以2-6个碱基为主，重复次数6-14，也就是ssr长度为12-30bp左右，再加上左右引物（大概各20几个碱基），这样就有60bp以上，考虑设计引物要与ssr间隔15bp以上，加起来差不多100 bp，至于上限300bp，设计引物之后发现总长度就在这范围之内，太长了扩增出来杂带更多

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