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BBMC-2012

木虫 (知名作家)

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[交流] Pfam在线进去网页不能输入序列

我现在得到一条氨基酸序列，想预测下保守结构，什么的？还有别的方法不？

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Huobol

至尊木虫 (著名写手)

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
BBMC-2012: 金币+5, 兹，谢谢 2015-09-10 14:54:31

转自柳城
http://liucheng.name/738/

SMART(http://smart.embl-heidelberg.de/)，可以说是蛋白结构预测和功能分析的工具集合。简单点说，就是集合了一些工具，可以预测蛋白的一些二级结构。如跨膜区（Transmembrane segments），复合螺旋区（coiled coil regions），信号肽（Signal peptides），蛋白结构域（PFAM domains）等。

SMART前该知道的

1，SMART有两种不同的模式：normal 或genomic

主要是用的数据库不一样。Normal SMART, 用的数据库 Swiss-Prot, SP-TrEMBL 和 stable Ensembl proteomes。Genomic SMART, 用全基因组序列。详细列表：http://smart.embl-heidelberg.de/smart/list_genomes.pl

2，一些名词解释

http://smart.embl-heidelberg.de/help/smart_glossary.shtml

SMART进行时

可以直接用各个数据库蛋白的ID。如Uniprot/Ensembl ID / accession number (ACC)。或是直接蛋白序列。运行SMART也可选择signal peptides、PFAM domains等的预测，勾上就是。
SMART结果

运行后的结果用图表表示。其实运行后的结果都有明确的解释。
不同结构的预测由不同的工具完成。如果你想了解更多，可访问去该工具的网站。

跨膜区（Transmembrane segments）, TMHMM2 program 。(用 TRANS表示 )
复合螺旋区（coiled coil regions），Coils2 program。( 用COIL 表示)
信号肽（Signal peptides），SignalP program。( SIGNAL )
蛋白结构域（PFAM），PFAM。

等等。。不止这几个的。其它不一一列举。因为都是详细的说明。点击图标链接，就能看到该区域的序列，或是一些详细的描述。如上图的跨膜区，点击进去就是该跨膜区从开始到结束的序列。

另外，不一定所有预测的区域都会用在图示里看到。一般SMART的显示顺序是SMART > PFAM > PROSPERO repeats > Signal peptide > Transmembrane > Coiled coil > Unstructured regions > Low complexity。另外其它不用图解显示的区域，在底下的表格也有详细说明。

蛋白结构域的预测还有PFAM，CDD等。