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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » CLNEB计算过渡态的问题
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Litter_horsr

银虫 (小有名气)

[求助] CLNEB计算过渡态的问题 已有1人参与

参照说明书，我做了在氧化镓表面吸附H2的过程过渡态

由于已经有文献给出H2吸附在表面时，它的稳定结构，所以就没有再去过多的考虑可能的吸附情况，直接采用最稳定结构作为终态进行优化。初始态是H2分子物理吸附在表面，距离表面高度为0.7A

优化和Clneb时候的IBCAR设置:

优化时：
SYSTEM=GaO
ENCUT=480
ISTART=0
ICHARG=2
ISMEAR=0
SIGMA=0.02
NSW=500
IBRION=2
ISIF=2
EDIFF=1E-5
EDIFFG=-0.01
NELM=180
LORBIT=0
POTIM=0.08
PREC=Accurate
初态和终态的结构优化之后，插入四个镜像 。00-05
SYSTEM=GaO
ENCUT=480
ISTART=0
ICHARG=2
ISMEAR=0
SIGMA=0.02
NSW=500
ISIF=2
EDIFF=1E-5
EDIFFG=-0.1
NELM=180
LORBIT=0
PREC=Accurate

#for Clneb
IBRION=3
POTIM=0
IOPT=0
ICHAIN=0
LCLIMB=.TURE.
SPRING=-5
IMAGES=4
结果能够运行，但是一直优化不完，最后一步的时候提示：
500 F= -.24183396E+03 E0= -.24183396E+03  d E =0.334694E-09
quench:  g(F)=  0.000E+00 g(S)=  0.000E+00 dE (1.order)= 0.000E+00
writing wavefunctions
real 28323.73
user 450211.62
sys 342.69
Sat Sep  5 17:00:42 CST 2015

并且查看原子间力的时候，有如下（nebef.pl脚本）
   0         0.000000      -241.833900         0.000000
   1         0.000000      -240.388700         1.445200
   2         0.000000      -239.776100         2.057800
   3         0.000000      -240.928700         0.905200
力全部为0……

请问：
1、过渡态计算为什么不收敛？
2、利用CLNEB主要采用力作为收敛条件，但是这个力全部为0.怎么解决？
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想好好学习的，一般妒能
1楼 2015-09-06 09:28:14
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jackjiejl

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cenwanglai at 2015-09-06 10:00:25
1. VASP自身并不带climbing功能，需要把vtstcode加进vasp编译。

2. IOPT =0 是什么意思？如果加入了vtstcode代码，建议用更高效的优化器（调整IOPT=？）。请搜索neb tst

3. 反应路径计算，失败的几率很大，因 ...

您好，我有个关于过渡态计算的问题想请教一下，
在寻找过渡态的时候，我首先插入了3个点（00 01 02 03  04），EDIFF=1E-3    EDIFFG=-0.2   计算收敛后，查看插入点的结构发现，过渡态应该存在于02 和03结构之间，那么此时，我是直接用之前粗优化的（EDIFF=1E-3    EDIFFG=-0.2）02 03 的结构拿来做下一轮寻找过渡态的始末结构呢？ 还是先在原来的基础上先提高精度（EDIFF=1E-5    EDIFFG=-0.02）把02 03结构优化好一点之后再进行下一步（区间）的过渡态收索？
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加油
9楼2016-05-06 14:43:18
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阿克飞顿

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Litter_horsr: 金币+10, ★有帮助 2015-09-06 09:47:19
任务提交命令有问题，你是在超算中心算的还是自己的服务器上，VTSY脚本编译进去了吗

发自小木虫Android客户端
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2楼2015-09-06 09:30:41
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阿克飞顿

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 阿克飞顿 at 2015-09-06 09:30:41
任务提交命令有问题，你是在超算中心算的还是自己的服务器上，VTSY脚本编译进去了吗

VTST

发自小木虫Android客户端
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3楼2015-09-06 09:30:53
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阿克飞顿

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
cenwanglai: 金币+2, 谢谢~ 2015-09-06 10:03:02
这是我在超算中心的提交方法，你如果已经编译VTST脚本了，参照我的方法做一下改动试试
1）vasp和vasp-vtsts早加入到环境变量设置文件.bash_profile中了


2）提交vasp的计算脚本：

bsub -J job_name -q q_x86_kanglh -n 48 -o log.txt?~/apps/vasp/5.3.2/x86_64/bin/vasp


3）提交vasp-vtst的计算脚本：

bsub -J job_name -q q_x86_kanglh -n 48 -o log.txt ~/apps/vasp-vtst/5.3.2/x86_64/bin/vasp-vtst

发自小木虫Android客户端
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4楼2015-09-06 09:33:46
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