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Litter_horsr银虫 (小有名气)
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CLNEB计算过渡态的问题 已有1人参与
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参照说明书，我做了在氧化镓表面吸附H2的过程过渡态 由于已经有文献给出H2吸附在表面时，它的稳定结构，所以就没有再去过多的考虑可能的吸附情况，直接采用最稳定结构作为终态进行优化。初始态是H2分子物理吸附在表面，距离表面高度为0.7A 优化和Clneb时候的IBCAR设置: 优化时： SYSTEM=GaO ENCUT=480 ISTART=0 ICHARG=2 ISMEAR=0 SIGMA=0.02 NSW=500 IBRION=2 ISIF=2 EDIFF=1E-5 EDIFFG=-0.01 NELM=180 LORBIT=0 POTIM=0.08 PREC=Accurate 初态和终态的结构优化之后，插入四个镜像 。00-05 SYSTEM=GaO ENCUT=480 ISTART=0 ICHARG=2 ISMEAR=0 SIGMA=0.02 NSW=500 ISIF=2 EDIFF=1E-5 EDIFFG=-0.1 NELM=180 LORBIT=0 PREC=Accurate #for Clneb IBRION=3 POTIM=0 IOPT=0 ICHAIN=0 LCLIMB=.TURE. SPRING=-5 IMAGES=4 结果能够运行，但是一直优化不完，最后一步的时候提示： 500 F= -.24183396E+03 E0= -.24183396E+03 d E =0.334694E-09 quench: g(F)= 0.000E+00 g(S)= 0.000E+00 dE (1.order)= 0.000E+00 writing wavefunctions real 28323.73 user 450211.62 sys 342.69 Sat Sep 5 17:00:42 CST 2015 并且查看原子间力的时候，有如下（nebef.pl脚本） 0 0.000000 -241.833900 0.000000 1 0.000000 -240.388700 1.445200 2 0.000000 -239.776100 2.057800 3 0.000000 -240.928700 0.905200 力全部为0…… 请问： 1、过渡态计算为什么不收敛？ 2、利用CLNEB主要采用力作为收敛条件，但是这个力全部为0.怎么解决？ |
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cenwanglai
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1. VASP自身并不带climbing功能，需要把vtstcode加进vasp编译。 2. IOPT =0 是什么意思？如果加入了vtstcode代码，建议用更高效的优化器（调整IOPT=？）。请搜索neb tst 3. 反应路径计算，失败的几率很大，因此需要注意优化策略。最好不要一上来就高精度。 EDIFF=1E-5 ！作死 EDIFFG=-0.01 ！一上来就这样的精度，作死 NELM=180 ！正常情况下，离子步如果40步以内不收敛，说明结构及其不合理。默认即可。 LORBIT=0 POTIM=0.08 ！请用CNEB的优化器，POTIM = 0, IBRION = 3. PREC=Accurate !这个，看你的系统精度。如果对路径和计算技术本身不是很熟悉，可以考虑先Normal. 搜索出个大概来了，再Accurate. LCLIMB = .TRUE. !一开始的时候最好关掉。先搜索出路径的整体轮廓来（EDIFFG=-0.03~-0.05)，然后再打开。 4. 反应路径计算费神劳力，需要较多的低精度测试计算来加深对反应过程的理解和把握，最后在低精度计算筛选出来的少数可信的路径上提高精度才是有智慧的表现。 |
6楼2015-09-06 10:00:25
阿克飞顿
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Litter_horsr: 金币+10, ★有帮助 2015-09-06 09:47:19
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任务提交命令有问题，你是在超算中心算的还是自己的服务器上，VTSY脚本编译进去了吗 发自小木虫Android客户端 |
2楼2015-09-06 09:30:41
阿克飞顿
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3楼2015-09-06 09:30:53
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cenwanglai: 金币+2, 谢谢~ 2015-09-06 10:03:02
cenwanglai: 金币+2, 谢谢~ 2015-09-06 10:03:02
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这是我在超算中心的提交方法，你如果已经编译VTST脚本了，参照我的方法做一下改动试试 1）vasp和vasp-vtsts早加入到环境变量设置文件.bash_profile中了 2）提交vasp的计算脚本： bsub -J job_name -q q_x86_kanglh -n 48 -o log.txt?~/apps/vasp/5.3.2/x86_64/bin/vasp 3）提交vasp-vtst的计算脚本： bsub -J job_name -q q_x86_kanglh -n 48 -o log.txt ~/apps/vasp-vtst/5.3.2/x86_64/bin/vasp-vtst 发自小木虫Android客户端 |
4楼2015-09-06 09:33:46
