| 查看: 3529 | 回复: 3 | |||
wangxueqin金虫 (小有名气)
|
[求助]
GATK生成的VCF转换成FASTA格式后，不是alignment结果 已有1人参与
|
|
有哪位高手熟悉GATK的使用么？我之前用BOWTIE+SAMTOOLS来分析过数据，生成的vcf格式文件，转换成FASTA之后直接就是alignment的结果，每个样品的序列长度是一致的。但是不知道为什么用GATK生成的vcf格式文件，转换成FASTA之后,每个样品的序列长度不一样？gatk使用的命令如下： java -jar GenomeAnalysisTK.jar -T HaplotypeCaller -R ./pe.scaffolds.db.fasta -I ./AEM.dedupped.bam -o ./AEM.raw_variants.g.vcf . --genotyping_mode DISCOVERY -stand_emit_conf 10 -stand_call_conf 30 --allow_potentially_misencoded_quality_scores --emitRefConfidence GVCF -variant_index_type LINEAR -variant_index_parameter 128000 java -jar GenomeAnalysisTK.jar \ -T GenotypeGVCFs \ -R pe.scaffolds.db.fasta \ --variant 123480.raw_variants.g.vcf \ --variant 123651.raw_variants.g.vcf \ -o 56species_raw.vcf \ java -jar GenomeAnalysisTK.jar \ -T SelectVariants \ -R pe.scaffolds.db.fasta \ -V 56species_raw.vcf \ -L PH01000000 \ -ef \ -o 56species_test.vcf |
回复此楼» 猜你喜欢
含氟糖皮质激素的外用抗炎利器醋酸氟轻松
已经有0人回复
-
阿莫奈韦（Amenamevir）：解旋酶-引物酶靶向分子的结构特征与合成路径全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有139人回复
-
利瑞鲁单抗：靶向KIR的NK细胞检查点工具抗体，结构基础与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
zhongtong
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 14856.5
- 散金: 15
- 红花: 3
- 帖子: 907
- 在线: 96.3小时
- 虫号: 267350
- 注册: 2006-07-22
- 性别: MM
- 专业: 肿瘤遗传
2楼2015-09-16 12:30:23
zhongtong
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 14856.5
- 散金: 15
- 红花: 3
- 帖子: 907
- 在线: 96.3小时
- 虫号: 267350
- 注册: 2006-07-22
- 性别: MM
- 专业: 肿瘤遗传
3楼2015-09-16 12:35:19
4楼2020-07-07 09:17:06
