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wangxueqin金虫 (小有名气)
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GATK生成的VCF转换成FASTA格式后，不是alignment结果 已有1人参与
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有哪位高手熟悉GATK的使用么？我之前用BOWTIE+SAMTOOLS来分析过数据，生成的vcf格式文件，转换成FASTA之后直接就是alignment的结果，每个样品的序列长度是一致的。但是不知道为什么用GATK生成的vcf格式文件，转换成FASTA之后,每个样品的序列长度不一样？gatk使用的命令如下： java -jar GenomeAnalysisTK.jar -T HaplotypeCaller -R ./pe.scaffolds.db.fasta -I ./AEM.dedupped.bam -o ./AEM.raw_variants.g.vcf . --genotyping_mode DISCOVERY -stand_emit_conf 10 -stand_call_conf 30 --allow_potentially_misencoded_quality_scores --emitRefConfidence GVCF -variant_index_type LINEAR -variant_index_parameter 128000 java -jar GenomeAnalysisTK.jar \ -T GenotypeGVCFs \ -R pe.scaffolds.db.fasta \ --variant 123480.raw_variants.g.vcf \ --variant 123651.raw_variants.g.vcf \ -o 56species_raw.vcf \ java -jar GenomeAnalysisTK.jar \ -T SelectVariants \ -R pe.scaffolds.db.fasta \ -V 56species_raw.vcf \ -L PH01000000 \ -ef \ -o 56species_test.vcf |
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