| 查看: 3448 | 回复: 3 | ||
wangxueqin金虫 (小有名气)
|
[求助]
GATK生成的VCF转换成FASTA格式后，不是alignment结果 已有1人参与
|
|
有哪位高手熟悉GATK的使用么？我之前用BOWTIE+SAMTOOLS来分析过数据，生成的vcf格式文件，转换成FASTA之后直接就是alignment的结果，每个样品的序列长度是一致的。但是不知道为什么用GATK生成的vcf格式文件，转换成FASTA之后,每个样品的序列长度不一样？gatk使用的命令如下： java -jar GenomeAnalysisTK.jar -T HaplotypeCaller -R ./pe.scaffolds.db.fasta -I ./AEM.dedupped.bam -o ./AEM.raw_variants.g.vcf . --genotyping_mode DISCOVERY -stand_emit_conf 10 -stand_call_conf 30 --allow_potentially_misencoded_quality_scores --emitRefConfidence GVCF -variant_index_type LINEAR -variant_index_parameter 128000 java -jar GenomeAnalysisTK.jar \ -T GenotypeGVCFs \ -R pe.scaffolds.db.fasta \ --variant 123480.raw_variants.g.vcf \ --variant 123651.raw_variants.g.vcf \ -o 56species_raw.vcf \ java -jar GenomeAnalysisTK.jar \ -T SelectVariants \ -R pe.scaffolds.db.fasta \ -V 56species_raw.vcf \ -L PH01000000 \ -ef \ -o 56species_test.vcf |
回复此楼» 猜你喜欢
化工申博
已经有3人回复
-
申博自荐
已经有3人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有261人回复
-
广西民族大学化学化工学院化学工程与技术学硕，材料化工专硕调剂名额充足！
已经有0人回复
-
透明质酸酶的作用机制：如何实现药物递送
已经有0人回复
-
爱思维尔旗下LWT投稿
已经有9人回复
-
替拉扎明为缺氧选择性细胞毒药物研究提供新思路
已经有0人回复
-
拉坦前列腺素(Latanoprost)：前列腺素F2α衍生物如何成为青光眼一线用药
已经有0人回复
-
卟啉家族中的明星分子：MESO-四(3,5-二溴-4-羟基苯基)卟啉的性质与制备
已经有1人回复
-
宠物寄生虫防治：氟雷拉纳阻断GABA受体，持效12周驱杀跳蚤蜱虫
已经有0人回复
-
为呼吸打开通道：依伐卡托的科学之旅
已经有0人回复
zhongtong
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 14855.5
- 散金: 15
- 红花: 3
- 帖子: 907
- 在线: 95.7小时
- 虫号: 267350
- 注册: 2006-07-22
- 性别: MM
- 专业: 肿瘤遗传
2楼2015-09-16 12:30:23
zhongtong
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 14855.5
- 散金: 15
- 红花: 3
- 帖子: 907
- 在线: 95.7小时
- 虫号: 267350
- 注册: 2006-07-22
- 性别: MM
- 专业: 肿瘤遗传
3楼2015-09-16 12:35:19
4楼2020-07-07 09:17:06