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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求软件做RNA-Seq 数据的GO 富集分析
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hxppxh

木虫 (正式写手)

[求助] 求软件做RNA-Seq 数据的GO 富集分析 已有2人参与

rna-seq数据，物种为非模式生物，有未注释的基因组序列。 已经进行了如下分析：6万多个基因用blastx比对了nr数据库，用得到的xml文件做了mapping GO term。现在想做 GO enrichment analysis.

我知道blast2go可以做，可是把比对nr的结果上传到blast2go后，map GO term 超级慢，可blast2go好像不能用其它软件的map GOterm的结果。看了一下R packages的说明书，还是不知道怎么做。

请有经验的虫友指点一下，谢谢！
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1楼 2015-09-04 05:00:12
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hxppxh

木虫 (正式写手)
2楼2015-09-04 23:06:39
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hxppxh

木虫 (正式写手)
3楼2015-09-05 10:04:21
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hxppxh

木虫 (正式写手)
怎么这么冷清
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4楼2015-09-11 03:14:13
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bioplant

木虫 (正式写手)
大家都不懂，一般让公司做，节约时间干大事。

发自小木虫Android客户端
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5楼2015-09-11 06:41:06
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baichi121234

禁虫 (职业作家)
本帖内容被屏蔽
6楼2015-09-11 07:50:26
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hxppxh

木虫 (正式写手)
7楼2015-09-11 12:06:46
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jihao1986

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

求问楼主blast2go有破解版的吗？
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8楼2016-12-13 14:24:09
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宇宙小妖怪

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

赞成楼上的观点直接给公司做，我们实验室只用BIODAI离心技术在血样样本里提取过RNA,楼主这个“RNA-Seq 数据的GO富集分析”一听就感觉很高大上
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9楼2019-01-08 09:01:31
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