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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 急等回答：要测转录组，RNA的 OD260/230特别低行不行啊
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Ivy尘

新虫 (正式写手)

[求助] 急等回答：要测转录组，RNA的 OD260/230特别低行不行啊 已有2人参与

如图，因为自己提取的RNA总是有残留，直接委托测序公司一起提取。返回的结果如下
急等回答：要测转录组，RNA的 OD260/230特别低行不行啊
急等回答：要测转录组，RNA的 OD260/230特别低行不行啊-1
急等回答：要测转录组，RNA的 OD260/230特别低行不行啊-2
急等回答：要测转录组，RNA的 OD260/230特别低行不行啊-3

公司技术人员表示：
  1. D260/230太低也没关系，不用过多关心。
  2.RIN值>6.5就行。
  3.琼脂糖完整度还可以。
  4.最好直接建库，建库之后还可以检测建库质量，如果质量不好会从头再提取建库。

我表示很踌躇，本以为测序要求应该比普通逆转录要求高吧，普通逆转录都没法接受OD260/230那么低的。测序要经过mRNA富集，所以有机试剂残留没关系?有点担心残留会影响建库的质量，公司对建库的质量检测要求低于我的预期或者建库检测没问题而我关注的基因因此受到影响怎么办。。。。
求指教！！！！！！！！

附：
他们公司的RNA质量要求：
       样品的量：真核：总量≧6ug；原核：总量≧20ug。
　　样品浓度：真核：浓度≧100ng/ul；
　　样品纯度：OD260/280≧1.8；28S/18S≧1。
        RNA完整性：植物、真菌 RIN值≧6.5；动物 RIN值≧7.0；原核 RIN值≧6.0。
别个公司的：
       OD 260/280介于1.8-2.2之间，OD260/230≧2.0
       电泳检测28S:18S至少大于1.5；
       RIN值≧8.0；并确保RNA无降解，无污染
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转录组测序 RNA-seq

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1楼 2015-09-01 15:07:10
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晞朔

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Ivy尘: 金币+15, ★★★很有帮助 2015-09-01 17:03:13
个人感觉没问题，你这组数据可以进行测序。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2015-09-01 16:31:15
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Ivy尘

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-09-01 16:31:15
个人感觉没问题，你这组数据可以进行测序。

好的，谢谢！
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3楼2015-09-01 17:03:03
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幽幽深谷竹

金虫 (著名写手)

骨子里是文科男的理科男

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
Ivy尘: 金币+15, ★★★很有帮助 2015-09-29 15:31:59
没问题的，RIN大于6.5，260/280大于1.8，样品就OK
赞一下 回复此楼
我就是我IamwhatIam
4楼2015-09-23 22:39:18
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