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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

[交流] 关于CpG岛与基因的表达调控

如果一个基因的promoter或者exon1的CpG island发生了高度甲基化,是不是意味着这个基因的表达量就一定很低?
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xyklmu

至尊木虫 (知名作家)

虫眼看世界

甲基化测序虽然直接测不出来,但是可以利用一些技术间接测出来的。
我所了解的是先用一个试剂盒改变已经甲基化的位点,然后用pcr扩增的时候,发生改变的位点会发生错配,这样在测序结果与原已知序列进行比较之后,发生突变的位点就是甲基化的位点。
大致的原理是这样,楼主如果需要详细的protocol,我得问问我的同学,呵呵
位卑未敢忘忧国。
8楼2008-09-02 14:15:08
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克隆大虾

铁杆木虫 (著名写手)

呵呵

★ ★ ★
xyklmu(金币+3,VIP+0):积极交流奖
原则上是吧.甲基化可能造成转录水平的抑制,可以用real time PCR或者Northern检测目的基因表达量。
有段英文说明解释原理,你可以看一下
Epigenetic modifications, most importantly DNA methylation events, are frequently involved in transcriptional changes in both tumor suppressor genes and oncogenes. Methylation of cytosine at CpG dinucleotides is a common feature of a higher eukaryotic genomes. DNA methylation in the promoter regions of genes is generally correlated with gene silencing. Two underlying mechanisms have been identified. First, binding of transcription factors or enhancer blocking elements, such as CTCF, may be inhibited by DNA methylation. The second and more general mechanism involves proteins that detect methylated DNA through methyl CpG-binding domains (MBDs). Four of these proteins桵BD1, MBD2, MBD3, and MeCP2梙ave been implicated in methylation-dependent repression of transcription. These proteins mediate recruitment of repressor complexes that include histone deacetylases (HDACs). HDACs remove acetyl groups from lysine residues of histones H3 and H4 that results in condensation of chromatin and thus limit access of transcription factors to promoter regions of genes localized nearby.

[ Last edited by 克隆大虾 on 2008-8-24 at 12:05 ]
2楼2008-08-24 19:02:20
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

其实我也是这么认为,一旦promoter或者exon1的CpG island发生了高度甲基化,那么这个基因表达就会受抑制,要恢复表达得脱甲基才行
但最近有个实验结果很怪……所以才上来问问~~~
(我一直怀疑是测序的公司搞错我的样品…………)
3楼2008-08-24 19:11:04
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克隆大虾

铁杆木虫 (著名写手)

hehe

甲基化测序应该测不出来吧?
搞错样品是有可能的.
4楼2008-08-27 03:59:12
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