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809011916

铜虫 (小有名气)

[求助] data文件获取的问题 已有1人参与

通过MS建模并优化得到各分子的.pdb文件，然后通过packmol软件创建了初始构型，最后使用VMD的topo命令将之写成了适合lammps的data文件，结果显示其中atoms数量、类型都正确，但bonds类型、angles类型、dihedrals类型及其数量都不对（本来bonds type应该是5种，但此种方法得出结果是1种；此外其他的类型结果都是0，数量也是0），请教下各位是我的方法问题还是这个方法的局限性。如果是方法不对，那是初始分子.pdb文件创建的问题吗？如何解决这个问题？谢谢！
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1楼 2015-08-30 18:34:37
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
809011916: 金币+40, ★★★★★最佳答案 2015-09-01 04:24:29
MS的兼容性不好，存为pdb格式，再转到其它软件里很有可能会出现错误，尤其是还这样经过了好几个软件的，你每一步都打开文件看看，就可以看到哪一环出现了问题。

这个方法，希望对你有用：
1.MS里建模并分配力场（pcff或cvff，只能是这俩），将模型export为car格式，这时候跟随car文件会自动生成mdf文件。
2. 将car文件和mdf文件都拷到包含lammps的msi2lmp.exe的文件夹里，输入msi2lmp.exe  filename(你的文件名)
3. msi2lmp.exe如何生成呢？进入到lammps/tools/msi2lmp/src，直接make就生成了
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2楼2015-08-31 09:09:05
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809011916

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 赵红霞 at 2015-08-31 09:09:05
MS的兼容性不好，存为pdb格式，再转到其它软件里很有可能会出现错误，尤其是还这样经过了好几个软件的，你每一步都打开文件看看，就可以看到哪一环出现了问题。

这个方法，希望对你有用：
1.MS里建模并分配力场 ...

谢谢，问题已经解决，比之前的效果好了太多
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选择最喜欢的，专注到无情。一个，就够了。
3楼2015-09-01 04:24:57
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