| 查看: 931 | 回复: 2 | ||||
809011916铜虫 (小有名气)
|
[求助]
data文件获取的问题 已有1人参与
|
| 通过MS建模并优化得到各分子的.pdb文件，然后通过packmol软件创建了初始构型，最后使用VMD的topo命令将之写成了适合lammps的data文件，结果显示其中atoms数量、类型都正确，但bonds类型、angles类型、dihedrals类型及其数量都不对（本来bonds type应该是5种，但此种方法得出结果是1种；此外其他的类型结果都是0，数量也是0），请教下各位是我的方法问题还是这个方法的局限性。如果是方法不对，那是初始分子.pdb文件创建的问题吗？如何解决这个问题？谢谢！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子动力学-初级问题资源 |
» 猜你喜欢
面上意见出来了
已经有10人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有9人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有5人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有7人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有10人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 5866.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1541
- 在线: 701.3小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
809011916: 金币+40, ★★★★★最佳答案 2015-09-01 04:24:29
感谢参与，应助指数 +1
809011916: 金币+40, ★★★★★最佳答案 2015-09-01 04:24:29
|
MS的兼容性不好，存为pdb格式，再转到其它软件里很有可能会出现错误，尤其是还这样经过了好几个软件的，你每一步都打开文件看看，就可以看到哪一环出现了问题。 这个方法，希望对你有用： 1.MS里建模并分配力场（pcff或cvff，只能是这俩），将模型export为car格式，这时候跟随car文件会自动生成mdf文件。 2. 将car文件和mdf文件都拷到包含lammps的msi2lmp.exe的文件夹里，输入msi2lmp.exe filename(你的文件名) 3. msi2lmp.exe如何生成呢？进入到lammps/tools/msi2lmp/src，直接make就生成了 |
2楼2015-08-31 09:09:05
809011916
铜虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 316.4
- 帖子: 55
- 在线: 42.3小时
- 虫号: 1501800
- 注册: 2011-11-20
- 性别: GG
- 专业: 化工热力学和基础数据
3楼2015-09-01 04:24:57
30