应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何查询重复序列
81/1返回列表
查看: 3052  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

monitor2885

至尊木虫 (知名作家)

队长

[求助] 如何查询重复序列 已有2人参与

看文献，重复序列 Repeat % 人类是46%，老鼠是38%。。。请问这个参数从哪里查到或者计算的？谢谢。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
Retirement
1楼 2015-08-30 18:26:44
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

evangelina

无虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
monitor2885: 金币+5, ★有帮助 2015-08-30 21:22:45
重复序列也有很多种的，例如 LINE SINE 等等

比较出名的是Alu序列吧

至于怎样找出来，我觉得你用Blast去对chromosomal DNA应该就能找到了

他们大概是找到很多类似的重复序列，然后发现总长度占去基因组的百分之三四十吧
赞一下 回复此楼
2楼2015-08-30 20:49:10
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
monitor2885: 金币+5, ★有帮助 2015-08-30 21:22:36
有个网站是做重复序列分析的，RepeatMasker。
赞一下 回复此楼
3楼2015-08-30 21:07:39
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

monitor2885

至尊木虫 (知名作家)

队长
引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2015-08-30 21:07:39
有个网站是做重复序列分析的，RepeatMasker。

谢谢，怎么查询啊？我就想看到这个参数值。
赞一下 回复此楼
Retirement
4楼2015-08-30 21:19:57
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

monitor2885

至尊木虫 (知名作家)

队长
引用回帖:
2楼: Originally posted by evangelina at 2015-08-30 20:49:10
重复序列也有很多种的，例如 LINE SINE 等等

比较出名的是Alu序列吧

至于怎样找出来，我觉得你用Blast去对chromosomal DNA应该就能找到了

他们大概是找到很多类似的重复序列，然后发现总长度占去基因组的 ...

怎么查询啊？我就想看到这个参数值。我不是生物专业的，就要这个参数，做计算。
赞一下 回复此楼
Retirement
5楼2015-08-30 21:23:35
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
monitor2885: 金币+5 2015-09-12 20:03:59
引用回帖:
4楼: Originally posted by monitor2885 at 2015-08-30 21:19:57
谢谢，怎么查询啊？我就想看到这个参数值。...

输入序列预测后，会将原序列中的重复序列全换成N，统计N的比例即为重复区所占比例，我是这样想的。
赞一下 回复此楼
6楼2015-08-30 22:17:08
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

monitor2885

至尊木虫 (知名作家)

队长
引用回帖:
6楼: Originally posted by stone2239 at 2015-08-30 22:17:08
输入序列预测后，会将原序列中的重复序列全换成N，统计N的比例即为重复区所占比例，我是这样想的。...

越说越专业啊，我不做实验，就是想知道物种的Repeat，以人为例，怎么查询呀？
赞一下 回复此楼
Retirement
7楼2015-08-30 23:33:32
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

BBMC-2012

木虫 (知名作家)
有个在线网址，是repeat什么的？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
8楼2015-08-31 00:30:35
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 monitor2885 的主题更新
81/1返回列表
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 10/500 2026-11-06 02:24 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 7/350 2026-11-06 02:24 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:15 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 11/550 2026-11-06 02:13 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 7/350 2026-11-06 02:13 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 7/350 2026-11-06 02:13 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 13/650 2026-11-06 02:02 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:02 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 kvewwGtKktqB 2026-11-04 15/750 2026-11-06 01:51 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:42 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:40 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 10/500 2026-11-06 01:31 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +7 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 21/1050 2026-11-06 01:29 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +7 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 18/900 2026-11-06 01:29 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 11/550 2026-11-06 01:20 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 PYZmcHr5kSaq 2026-11-05 6/300 2026-11-06 00:01 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 13/650 2026-11-05 22:55 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 13/650 2026-11-05 22:44 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 15/750 2026-11-05 22:44 by qL1cU46YIdK0
[基金申请] 各位基础老师们，看完中央《从严治党》的决定后，对学术界更加有信心了吧 +5 iaeyuan 2026-11-01 5/250 2026-11-04 14:43 by jinchengzi
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭