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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何查询重复序列
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monitor2885

至尊木虫 (知名作家)

队长

[求助] 如何查询重复序列 已有2人参与

看文献，重复序列 Repeat % 人类是46%，老鼠是38%。。。请问这个参数从哪里查到或者计算的？谢谢。
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Retirement
1楼 2015-08-30 18:26:44
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evangelina

无虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
monitor2885: 金币+5, ★有帮助 2015-08-30 21:22:45
重复序列也有很多种的，例如 LINE SINE 等等

比较出名的是Alu序列吧

至于怎样找出来，我觉得你用Blast去对chromosomal DNA应该就能找到了

他们大概是找到很多类似的重复序列，然后发现总长度占去基因组的百分之三四十吧
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2楼2015-08-30 20:49:10
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
monitor2885: 金币+5, ★有帮助 2015-08-30 21:22:36
有个网站是做重复序列分析的，RepeatMasker。
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3楼2015-08-30 21:07:39
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monitor2885

至尊木虫 (知名作家)

队长
引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2015-08-30 21:07:39
有个网站是做重复序列分析的，RepeatMasker。

谢谢，怎么查询啊？我就想看到这个参数值。
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Retirement
4楼2015-08-30 21:19:57
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monitor2885

至尊木虫 (知名作家)

队长
引用回帖:
2楼: Originally posted by evangelina at 2015-08-30 20:49:10
重复序列也有很多种的，例如 LINE SINE 等等

比较出名的是Alu序列吧

至于怎样找出来，我觉得你用Blast去对chromosomal DNA应该就能找到了

他们大概是找到很多类似的重复序列，然后发现总长度占去基因组的 ...

怎么查询啊？我就想看到这个参数值。我不是生物专业的，就要这个参数，做计算。
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Retirement
5楼2015-08-30 21:23:35
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
monitor2885: 金币+5 2015-09-12 20:03:59
引用回帖:
4楼: Originally posted by monitor2885 at 2015-08-30 21:19:57
谢谢，怎么查询啊？我就想看到这个参数值。...

输入序列预测后，会将原序列中的重复序列全换成N，统计N的比例即为重复区所占比例，我是这样想的。
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6楼2015-08-30 22:17:08
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monitor2885

至尊木虫 (知名作家)

队长
引用回帖:
6楼: Originally posted by stone2239 at 2015-08-30 22:17:08
输入序列预测后，会将原序列中的重复序列全换成N，统计N的比例即为重复区所占比例，我是这样想的。...

越说越专业啊，我不做实验，就是想知道物种的Repeat，以人为例，怎么查询呀？
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Retirement
7楼2015-08-30 23:33:32
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BBMC-2012

木虫 (知名作家)
有个在线网址，是repeat什么的？

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8楼2015-08-31 00:30:35
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