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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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monitor2885

至尊木虫 (职业作家)

队长

[求助] 如何查询重复序列 已有2人参与

看文献,重复序列 Repeat % 人类是46%,老鼠是38%。。。请问这个参数从哪里查到或者计算的?谢谢。
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Retirement
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evangelina

无虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
monitor2885: 金币+5, 有帮助 2015-08-30 21:22:45
重复序列也有很多种的,例如 LINE SINE 等等

比较出名的是Alu序列吧

至于怎样找出来,我觉得你用Blast去对chromosomal DNA应该就能找到了

他们大概是找到很多类似的重复序列,然后发现总长度占去基因组的百分之三四十吧
2楼2015-08-30 20:49:10
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
monitor2885: 金币+5, 有帮助 2015-08-30 21:22:36
有个网站是做重复序列分析的,RepeatMasker。
3楼2015-08-30 21:07:39
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monitor2885

至尊木虫 (职业作家)

队长

引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2015-08-30 21:07:39
有个网站是做重复序列分析的,RepeatMasker。

谢谢,怎么查询啊?我就想看到这个参数值。
Retirement
4楼2015-08-30 21:19:57
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monitor2885

至尊木虫 (职业作家)

队长

引用回帖:
2楼: Originally posted by evangelina at 2015-08-30 20:49:10
重复序列也有很多种的,例如 LINE SINE 等等

比较出名的是Alu序列吧

至于怎样找出来,我觉得你用Blast去对chromosomal DNA应该就能找到了

他们大概是找到很多类似的重复序列,然后发现总长度占去基因组的 ...

怎么查询啊?我就想看到这个参数值。我不是生物专业的,就要这个参数,做计算。
Retirement
5楼2015-08-30 21:23:35
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
monitor2885: 金币+5 2015-09-12 20:03:59
引用回帖:
4楼: Originally posted by monitor2885 at 2015-08-30 21:19:57
谢谢,怎么查询啊?我就想看到这个参数值。...

输入序列预测后,会将原序列中的重复序列全换成N,统计N的比例即为重复区所占比例,我是这样想的。
6楼2015-08-30 22:17:08
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monitor2885

至尊木虫 (职业作家)

队长

引用回帖:
6楼: Originally posted by stone2239 at 2015-08-30 22:17:08
输入序列预测后,会将原序列中的重复序列全换成N,统计N的比例即为重复区所占比例,我是这样想的。...

越说越专业啊,我不做实验,就是想知道物种的Repeat,以人为例,怎么查询呀?
Retirement
7楼2015-08-30 23:33:32
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BBMC-2012

木虫 (知名作家)


有个在线网址,是repeat什么的?

发自小木虫Android客户端
8楼2015-08-31 00:30:35
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