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至尊木虫 (正式写手)

[交流] 急!!! G类错误

不好意思,又要麻烦大家了,审稿人提了几个意见,其中有一条我不知道该怎样处理,审稿人的原文如下:
Dear Dr. XXX,

sorry for the delay, I was out of office for a short vacation.

Enclosed find a revised cif with some minor editorial changes applied to your latest version. Please tell me if you are satisfied with it.

I still wonder about your values of measured and independent reflections:

1. According to CheckCIF your dataset contains 3846 independent reflections. This means that a determination of the absolute structure is possible and indeed a Flack parameter has automatically been calculated during the final refinement step. Since you used enatiomerically pure starting compounds the absolute structure given by you is the one which is expected. On the other hand it would be problematic to have 528 refined parameters from only 3846 independent reflections.

2. If you have 6219 indepenedent reflections as stated in your cif you obviously have merged your dataset for Freidel pairs which should be avoided in case of a chiral space group as P1. If you really merged the dataset you should again perform the final refinement cycles using a complete dataset with all Friedel pairs.

I would be pleased if you could comment on this point again.

请问我该怎样回复审稿人呢?在处理数据时,如果在ins文件中不加merg命令,则有6219个衍射点,如果在ins文件中用merg 4命令,则有3553个衍射点,我投稿的文件是没有合并衍射点的文件,是不是要确定绝对构型呢?我晕了,不懂!肯请各位大牛不吝赐教,万分感谢!!!

cif文件检测有如下链接中的G类错误
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=907345
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gujm516

金虫 (小有名气)

先有二个问题要搞明白:
1. 这个结构是用Mo射线还是用Cu射线做的。
2. 分子中有没有大于Si元素的原子。

清楚了上述二点才能回答你的问题。
2楼2008-08-24 15:42:51
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至尊木虫 (正式写手)

谢谢
1. 是用Mo射线做的
2. 分子中含有硫原子
3楼2008-08-24 15:50:52
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gujm516

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
patent(金币+20,VIP+0):谢谢!!!!!!!!!!!!!!!
这样,你在修正中merg指令应该用 MERG 3,修正结果中Flack值要接近于0。
上传新的CIF和FCF然后告诉审稿人你所做过的改进,不需要任何解释,相信他就不会再纠缠这个问题了。
4楼2008-08-24 16:30:36
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至尊木虫 (正式写手)

谢谢大牛的指点
也有朋友说“在做吸收校正时有一个提问是关于Freidel pairs 的, 默认是MERG,需要重做没有MERG的吸收校正”
请问gujm516,你说的MERG3命令与上面的做没有MERG的吸收校正是一样的吗
如果不是,二者有何区别
谢谢!!!
5楼2008-08-24 22:24:09
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gujm516

金虫 (小有名气)

由于晶体各个方向的尺寸不一样,对射线的衍射能力也有所不同,所以需要进行吸收校正。而merge是对等效衍射点进行平均化。因此吸收校正与MERG是二个概念。

MERG 3 是不平均衍射点,MERG 4 适用于大分子。
6楼2008-08-24 23:17:14
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至尊木虫 (正式写手)

请问没有raw文件可以做吸收校正吗
我想重做吸收校正,但没有raw文件。因为数据是别人帮测的
7楼2008-08-26 09:10:27
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