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克隆测序和PLFA两个手段在分析microbial communities有什么不同 已有1人参与
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请教各路大神，克隆测序和PLFA两个手段在分析microbial communities有什么不同呢 看文献分析微生物群落结构经常看见用PLFA方法，想了解一下具体区别， 定量或者定性？各种情况下最优的手段？ 请畅所欲言，谢谢！ |
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DoRbIr
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
kittykbh: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-08-28 11:48:21
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kittykbh: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-08-28 11:48:21
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PLFA是测定微生物体细胞膜脂肪酸含量和种类，现在有一些微生物有特定磷脂脂肪酸标记物，通过分析微生物群落不同脂肪酸含量和种类，从而分析微生物群落结构。个人觉得这个技术最大的优点是：分析得到群落结构是活的微生物的，因为细胞一旦死亡，磷脂类化合物会马上消失，不像DNA那样长时间存在。缺点是不能分类到种，不能看到土壤中的代谢活动，细胞中的磷脂脂肪酸含量有一定幅度的波动。个人感觉，指纹图谱的数据库还是小。 不知道你说的克隆测序是不是克隆文库法啊？我个人最不喜欢的就是克隆文库法，我认为克隆文库法就是 NGS 的人工版。以分析细菌群落结构为例，选择16S可变区PCR扩增。然后，NGS上机测序，对得到序列质控分析数据。而克隆文库法还需要连接载体转化挑斑，然后对每个单菌落测序。因此克隆文库稀释度曲线和a多样性指数曲线到平台期，需要大量的工作量，算下来的花费不一定比NGS少。克隆文库唯一的优势就是，read可以测通16S全长，但是分析群落结构时，1.5K片段连接的效率不高。不过，鉴定新种的时候还是很好用的。 |
2楼2015-08-27 17:20:33
3楼2015-08-28 11:51:08
DoRbIr
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4楼2015-08-30 23:15:37
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