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shilinfang

木虫 (小有名气)

[交流] cif文件的A类错误处理

PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent    H     Ueq(max)/Ueq(min) ...       5.50 Ratio

PLAT761_ALERT_1_A CIF Contains no X-H Bonds ......................          ?

PLAT762_ALERT_1_A CIF Contains no X-Y-H or H-Y-H Angles ..........          ?

在check cif之后提示有以上三个A 类错误,尤其是第一个,哪位高手指点一下,不胜感激!
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crystalsnet

新虫 (正式写手)

★ ★ ★
shilinfang(金币+3,VIP+0):非常感谢!
PLAT761_ALERT_1_A CIF Contains no X-H Bonds ......................          ?

PLAT762_ALERT_1_A CIF Contains no X-Y-H or H-Y-H Angles ..........          ?
在ins文件中加入 bond  $h
即可
2楼2008-08-22 14:41:43
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crystalsnet

新虫 (正式写手)

★ ★
shilinfang(金币+2,VIP+0):感谢您的提醒!
PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent    H     Ueq(max)/Ueq(min) ...       5.50 Ratio
这个氢您是怎么加的?
3楼2008-08-22 14:42:23
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shilinfang

木虫 (小有名气)

加氢是用wingix软件,选中要加氢的芳环碳原子,用芳环加氢命令加上去的。
您说改正第二个A类错误,只要在ins文件中输入bond $h命令就可以,请问在哪个位置输入?
4楼2008-08-22 15:18:23
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crystalsnet

新虫 (正式写手)

unit 后面就可以了
5楼2008-08-22 15:34:41
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lizuoxi

金虫 (正式写手)

加氢有问题.
看你选得杂化模式对吗?
6楼2008-08-22 16:59:12
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shilinfang

木虫 (小有名气)

后两个问题已经解决了,哪位高手能帮忙把第一个问题解决了,剩余的7个金币全部奉送。
7楼2008-08-23 09:29:40
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myxmc1

木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
shilinfang(金币+5,VIP+0):问题已经解决了,感谢各位参与交流!
一般理想加氢氢的温度因子跟着所属原子走,你的H的  Ueq(max)/Ueq(min)很大,也说明可能所属C的Ueq(max)/Ueq(min)也大,也许会是B Alert。如果这样,你需要先解决C的问题。
8楼2008-08-24 10:25:40
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shilinfang

木虫 (小有名气)

这个是咪唑环N上的H, 我按照芳环或酰胺的加氢命令加上去的(hadd 4 N3),这个氢的温度因子和所属N的变化趋势是一致的。用这条命令加咪唑中N 上的氢有毛病吧?
9楼2008-08-25 09:04:12
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myxmc1

木虫 (小有名气)

对于苯环和咪唑加氢,它们的命令都是AFIX 4n。你可以检查一下它们的键长,大概为C-H 0.93,N-H 0.86.
10楼2008-08-25 20:38:27
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