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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸提取 » 为什么我要表达的eIF4GI基因序列是3920bp，但是只表达1305个氨基酸呢
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蛇精病范

新虫 (初入文坛)

[求助] 为什么我要表达的eIF4GI基因序列是3920bp，但是只表达1305个氨基酸呢 已有1人参与

急求急求，跪求跪求。。。。我要表达鸭子的eIF4GI做抗体，NCBI上发布的eIF4G的编码区有3920bp，但是只编码1305个氨基酸，编码区基因刚开始3位是起始密码子，最后三位是终止密码子，请问这是为什么呢，首先编码区基因序列根本不是3的倍数，其次正常的话是编码1305个氨基酸，余下2bp。为什么呢？
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1楼 2015-08-24 19:53:25
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ptttmt

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
蛇精病范: 金币+5 2015-08-26 15:59:44
EIF4G1 eukaryotic translation initiation factor 4 gamma, 1 [ Anas platyrhynchos (mallard) ]

Gene ID: 101791993, updated on 11-Jul-2015

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=101791993

mRNA序列：3918bp，N表示A/T/C/G四种碱基的其中一种

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/XM_013102310.1

蛋白序列：1305aa  X表示未知氨基酸或终止密码子

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/XP_012957764.1

这个序列是基因枪测序的数据，这个EIF4G1蛋白是由软件预测，product="LOW QUALITY PROTEIN: eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1"，注意前面这个LOW QUALITY PROTEIN，说明这个基因的数据不太准确

具体到你做实验，可以先提RNA进行逆转录，获得绿头鸭的cDNA，根据已公布的mRNA序列的上下游设计引物，扩增出cDNA样本中的EIF4G1基因的开放阅读框，然后测通，获得全长，就知道了你实验标本绿头鸭EI4G1基因编码区的准确序列，然后根据实验需要，往下继续进行。


gene            1..3918
                     /gene="EIF4G1"
                     /note="The sequence of the model RefSeq transcript was
                     modified relative to its source genomic sequence to
                     represent the inferred CDS: deleted 2 bases in 1 codon;
                     Derived by automated computational analysis using gene
                     prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes
                     similarity to: 1 Protein, and 93% coverage of the
                     annotated genomic feature by RNAseq alignments"
                     /db_xref="GeneID:101791993"
     CDS             1..3918
                     /gene="EIF4G1"
                     /note="The sequence of the model RefSeq protein was
                     modified relative to its source genomic sequence to
                     represent the inferred CDS: deleted 2 bases in 1 codon;
                     substituted 1 base at 1 genomic stop codon"
                     /codon_start=1
                     /transl_except=(pos:1030..1032,aa:OTHER)
                     /product="LOW QUALITY PROTEIN: eukaryotic translation
                     initiation factor 4 gamma 1"
                     /protein_id="XP_012957764.1"
                     /db_xref="GI:874481792"
                     /db_xref="GeneID:101791993"
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8楼2015-08-26 10:19:26
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ptttmt

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
把序列号发上来才好帮你分析啊

[ 发自小木虫客户端 ]
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2楼2015-08-25 04:46:25
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蛇精病范

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ptttmt at 2015-08-25 04:46:25
把序列号发上来才好帮你分析啊

基因序列号是 NM_004677274.1
蛋白序列号是XP_012957764.1
谢谢！
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3楼2015-08-25 09:53:40
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蛇精病范

新虫 (初入文坛)
还有想请问一下NCBI发布的核苷酸序列中有一连串的NNNNNN是什么意思，氨基酸序列中有一连串的XXXXX是什么意思，我的基因和氨基酸中就含有这两串字母
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4楼2015-08-25 10:36:03
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