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蛇精病范

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 9
帖子: 17
在线: 5.1小时
虫号: 3975236
注册: 2015-07-14

[求助] 为什么我要表达的eIF4GI基因序列是3920bp，但是只表达1305个氨基酸呢已有1人参与

急求急求，跪求跪求。。。。我要表达鸭子的eIF4GI做抗体，NCBI上发布的eIF4G的编码区有3920bp，但是只编码1305个氨基酸，编码区基因刚开始3位是起始密码子，最后三位是终止密码子，请问这是为什么呢，首先编码区基因序列根本不是3的倍数，其次正常的话是编码1305个氨基酸，余下2bp。为什么呢？

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1楼2015-08-24 19:53:25

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ptttmt

银虫 (正式写手)

应助: 85 (初中生)
金币: 1216.4
红花: 12
帖子: 519
在线: 192.8小时
虫号: 3621717
注册: 2014-12-31
专业: 病毒学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
蛇精病范: 金币+5 2015-08-26 15:59:44

EIF4G1 eukaryotic translation initiation factor 4 gamma, 1 [ Anas platyrhynchos (mallard) ]

Gene ID: 101791993, updated on 11-Jul-2015

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=101791993

mRNA序列：3918bp，N表示A/T/C/G四种碱基的其中一种

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/XM_013102310.1

蛋白序列：1305aa  X表示未知氨基酸或终止密码子

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/XP_012957764.1

这个序列是基因枪测序的数据，这个EIF4G1蛋白是由软件预测，product="LOW QUALITY PROTEIN: eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1"，注意前面这个LOW QUALITY PROTEIN，说明这个基因的数据不太准确

具体到你做实验，可以先提RNA进行逆转录，获得绿头鸭的cDNA，根据已公布的mRNA序列的上下游设计引物，扩增出cDNA样本中的EIF4G1基因的开放阅读框，然后测通，获得全长，就知道了你实验标本绿头鸭EI4G1基因编码区的准确序列，然后根据实验需要，往下继续进行。

gene          1..3918
                  /gene="EIF4G1"
                  /note="The sequence of the model RefSeq transcript was
                  modified relative to its source genomic sequence to
                  represent the inferred CDS: deleted 2 bases in 1 codon;
                  Derived by automated computational analysis using gene
                  prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes
                  similarity to: 1 Protein, and 93% coverage of the
                  annotated genomic feature by RNAseq alignments"
                  /db_xref="GeneID:101791993"
   CDS          1..3918
                  /gene="EIF4G1"
                  /note="The sequence of the model RefSeq protein was
                  modified relative to its source genomic sequence to
                  represent the inferred CDS: deleted 2 bases in 1 codon;
                  substituted 1 base at 1 genomic stop codon"
                  /codon_start=1
                  /transl_except=(pos:1030..1032,aa:OTHER)
                  /product="LOW QUALITY PROTEIN: eukaryotic translation
                  initiation factor 4 gamma 1"
                  /protein_id="XP_012957764.1"
                  /db_xref="GI:874481792"
                  /db_xref="GeneID:101791993"