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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS中如何构建溶质原子随机分布的固溶体
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dyc_2008

捐助贵宾 (著名写手)

[求助] LAMMPS中如何构建溶质原子随机分布的固溶体 已有2人参与

LAMMPS中如何构建溶质原子随机分布的固溶体？
是有什么特殊的命令？
还是要借助什么特殊的软件？
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一布福田，二修菩提
1楼 2015-08-22 12:49:33
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
energy minimize就可以了
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2楼2015-08-23 02:27:33
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
dyc_2008: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-08-23 10:04:53
或者采用moltemplate工具
这个工具在tools/moltemplate下

moltemplate.sh system.lt
在system.lt里面用random命令

例子可以再网上找到，
比如
myMol = new random([mol1, mol2, mol3], [0.2, 0.3, 0.5], 102993) # 1.分子列表，2. 浓度列表，随机seed
                    [10].move(10, 0, 0).rot(180, 1, 0, 0) # 在x方向创10个，间距为10A，绕着x轴连续旋转180度
                    [2].move(0,2,0).rot(90, 0, 1, 0) # 在y方向上创2个，间距为2A， 绕着y轴旋转90度
                    [9].move(0,0.8).rot(29, 0, 0, 1) # 在z方向上创9个，间距为8A，绕着z轴旋转29度
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3楼2015-08-23 06:00:16
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dyc_2008

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by alundilong at 2015-08-23 06:00:16
或者采用moltemplate工具
这个工具在tools/moltemplate下

moltemplate.sh system.lt
在system.lt里面用random命令

例子可以再网上找到，
比如
myMol = new random(, , 102993) # 1.分子列表，2. 浓度列表 ...

非常感谢，但是：
我指的是固溶体（也就是合金）。
原子是周期性分布的，我的目的是要随机替换其中一些原子，来实现固溶体。
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一布福田，二修菩提
4楼2015-08-23 10:04:42
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gulubaozi

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
dyc_2008: 金币+10, ★★★很有帮助, 这个方法局限性太大，我的体系有200万个原子。 2015-08-25 19:08:35
dyc_2008: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2015-09-06 21:27:41
修改atomtype，你可以先dump出来，随记修改atomtype，再存成data文件
赞一下 回复此楼
5楼2015-08-25 17:03:53
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小卒无名

金虫 (小有名气)
这个很简单就可以实现。假设你的固溶体是A-B，结构是fcc结构。类似这样的代码就可以实现
lattice fcc ${lc}
region box block 0 ${xmax} 0 ${ymax} 0 ${zmax}
create_box 2 box
create_atoms 1 region box

set type 1 type/fraction 2 ${content} ${yourSeed}
这样就可以了
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6楼2016-01-25 12:54:08
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dyc_2008

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 小卒无名 at 2016-01-25 12:54:08
这个很简单就可以实现。假设你的固溶体是A-B，结构是fcc结构。类似这样的代码就可以实现
lattice fcc ${lc}
region box block 0 ${xmax} 0 ${ymax} 0 ${zmax}
create_box 2 box
create_atoms 1 region box

s ...

厉害，没想到有这个命令
赞一下 回复此楼
一布福田，二修菩提
7楼2016-01-25 22:35:39
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