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pdb2gmx找不到rtp力场文件 已有1人参与
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哪位大神帮忙看下为何找不到rtp文件啊，都放在一个目录里了  目录.JPG  错误提示.JPG |
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jerkwin
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5楼2015-08-21 20:57:42
fangsteel
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- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
2楼2015-08-20 18:28:02
3楼2015-08-21 09:09:57
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这是rtp文件，pdb文件是一个链长为50的PVC（聚氯乙烯）。 [ bondedtypes ] ; Column 1 : default bondtype ; Column 2 : default angletype ; Column 3 : default proper dihedraltype ; Column 4 : default improper dihedraltype ; Column 5 : This controls the generation of dihedrals from the bonding. ; Column 6 : number of neighbors to exclude from non-bonded interactions ; Column 7 : 1 = generate 1,4 interactions between pairs of hydrogen atoms ; 0 = do not generate such ; Column 8 : 1 = remove proper dihedrals if found centered on the same ; bond as an improper dihedral ; 0 = do not generate such ; bonds angles dihedrals impropers all_dihedrals nrexcl HH14 RemoveDih 1 2 1 2 0 1 0 1 [ PLAS ] [ atoms ] ; name type charge chargegroup Q1 opls_71 ;CH2 (SP3) ALKANE Q2 opls_151 ;CL in alkyl chlorides Q3 opls_152 ;RCH2CL in alkyl chlorides Q4 opls_153 ;H in RCH2CL in alkyl chlorides Q5 opls_68 ;CH3 (C2) N-ALKANES [ bonds ] ; atom1 atom2 Q1 Q3 Q3 Q4 Q3 Q2 Q6 Q1 [ angles ] ; atom1 atom2 atom3 th0 cth [ dihedrals ] ; atom1 atom2 atom3 atom4 phi0 cp mult [ impropers ] ; atom1 atom2 atom3 atom4 q0 cq [ PVC ] ;p [ atoms ] ; name type charge chargegroup Q1 opls_71 ;CH2 (SP3) ALKANE Q2 opls_151 ;CL in alkyl chlorides Q3 opls_152 ;RCH2CL in alkyl chlorides Q4 opls_153 ;H in RCH2CL in alkyl chlorides Q5 opls_68 ;CH3 (C2) N-ALKANES [ bonds ] ; atom1 atom2 Q1 Q3 Q3 Q4 Q3 Q2 [ angles ] ; atom1 atom2 atom3 th0 cth [ dihedrals ] ; atom1 atom2 atom3 atom4 phi0 cp mult [ impropers ] ; atom1 atom2 atom3 atom4 q0 cq [ PLAS ] [ atoms ] Q6 opls_68 ;CH3 (C2) N-ALKANES Q7 opls_71 ;CH2 (SP3) ALKANES Q8 opls_71 ;CH2 (SP3) ALKANES Q9 opls_71 ;CH2 (SP3) ALKANES Q10 opls_73 ;CH (SP3) ISOBUTANE Q11 opls_71 ;CH2 (SP3) ALKANES Q12 opls_68 ;N-ALKANES Q13 opls_71 ;CH2 (SP3) ALKANES Q14 opls_467 ;AA-OR:ester Q15 opls_465 ;AA C:esters - for R on C=O, use #280-#282 Q16 opls_466 ;AA=O:esters Q17 opls_75 ;CH (AROM) BENZENOID united atom Q18 opls_75 ;CH (AROM) BENZENOID united atom Q19 opls_75 ;CH (AROM) BENZENOID united atom Q20 opls_75 ;CH (AROM) BENZENOID united atom Q21 opls_75 ;CH (AROM) BENZENOID united atom Q22 opls_75 ;CH (AROM) BENZENOID united atom Q23 opls_465 ;AA C:esters - for R on C=O, use #280-#282 Q24 opls_466 ;AA=O:esters Q25 opls_467 ;AA-OR:ester Q26 opls_71 ;CH2 (SP3) ALKANES Q27 opls_73 ;CH (SP3) ISOBUTANE Q28 opls_71 ;CH2 (SP3) ALKANES Q29 opls_68 ;N-ALKANES Q30 opls_71 ;CH2 (SP3) ALKANES Q31 opls_71 ;CH2 (SP3) ALKANES Q32 opls_71 ;CH2 (SP3) ALKANES Q33 opls_68 ;N-ALKANES [ bonds ] Q6 Q7 Q7 Q8 Q8 Q9 Q9 Q10 Q10 Q11 Q11 Q12 Q10 Q13 Q13 Q14 Q14 Q15 Q15 Q16 Q15 Q17 Q17 Q18 Q18 Q19 Q19 Q20 Q20 Q21 Q21 Q22 Q21 Q23 Q23 Q24 Q23 Q25 Q25 Q26 Q26 Q27 Q27 Q28 Q28 Q29 Q27 Q30 Q30 Q31 Q31 Q32 Q32 Q33 [ angles ] ; atom1 atom2 atom3 th0 cth [ dihedrals ] ; atom1 atom2 atom3 atom4 phi0 cp mult [ impropers ] |
4楼2015-08-21 09:15:14
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