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zhangzhe1820

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助 已有2人参与

已知一植物cDNA序列，如何设计引物克隆基因组序列的一部分
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1楼 2015-08-19 17:16:02
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ptttmt

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-08-19 23:20:16
cDNA如果不太长的话，分别在上下游设计引物，扩增植物基因组，可能获得内含子序列，这应该算基因组的一部分吧？哈哈

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2楼2015-08-19 20:41:17
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
植物基因组是否已测序呢？如没有，可按楼上的方法，在编码区两端设计引物，以植物基因组为模板扩增，不过最好先查其他植物，比如模式植物水稻、拟南芥中该基因是否有内含子、有多少内含子等信息，这对你确定PCR体系、判断是否扩增成功是有帮助的。如果已经测序，那就直接上数据库做blast搜去，看能不能搜到基因组全长序列，然后设计引物扩增。
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3楼2015-08-20 00:25:56
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