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xufund

至尊木虫 (知名作家)

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[交流] ［求助］运行sybyl 中dock模块的问题

我按照网上的方法在ubuntu8.04中安装了SYBYL（装了install dvd和bookshelf，dvd2不知该如何安装，网友们也只说安装前两张）。现在能够正常使用的是画结构和能量优化模块。最近按照说明书学习单分子DOCK时，在Options 选项中进入 FlexX，如果采用默认配置（Input 选项中Config file 默认为//tables/default.dat），点击 Transform Details时出现错误提示“You must specify a valid  existing config file to proceed“。
如果不运行Transform Details，按照说明继续往下，则在最后运行dock时提示“unable to open //tables/default.dat“。我检查了tables目录，里面确实是空的。

  如果在Options 选项中进入 FlexX后，将Input 选项中Config file 改为为//2ctc_lig.mol2(在前面步骤中生成的配体分子)，点击Transform Details不再报错。但是在最后运行dock时，却提示:
“unable to create  the active site file and /or the protein
  single_site.pdb
  single_prot.pdb“
  终端则提示“Command not found“

请问是我哪里出错了？该如何解决？谢谢！

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1楼 2008-08-19 09:29:20

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xiumei1998

银虫 (初入文坛)

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专业: 药学信息学

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！

你好，我这两天也刚好在学FlexX，只是该软件已有前辈装好，我直接用就行了。所以安装方面，我没经验。但我按说明书做，没有你出现的问题。比如说，Input 选项中Config file 我采用默认的//tables/default.dat，其他按说明书上写的，是可以做的通。所以，问题应该在安装方面吧。我知道的就这些，希望有点启发。