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biogefart

木虫 (著名写手)

[交流] 酶切见鬼, chysx6快来

最近做的一个基因用NcoI克隆居然链接到了HIndIII的位点,查查MBI的目录说NcoI在高浓度甘油下有星号活力,我用得酶浓度确实比较高,为什么MBI标记星号活力的时候没有用图标表示,而只是在说明里面提了一下呢?
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闹太套
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chysx6

铁杆木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
xyklmu(金币+4,VIP+0):感谢发帖,积极交流奖
查了一下
Product NcoI - MBI
Description NcoI recognizes the sequence
5'...C/CATGG...3'.
3'...GGTAC/C...5'
Star Activity A large excess of the enzyme results in star activity

HindIII
5'... A↓A G C T T... 3'
3'... T T C G A↑A ...5'

先解释一下星活性

星号活力:非标准反应条件下,内切酶识别切割能力下降,识别特异性下降。
*eg. EcoR I在正常条件下识别并切割5‘GAATTC3’序列,但在甘油浓度超过5%(v/v)时,也可切割5‘PuPuATPyPy3’或者5‘AATT3’

星号活力产生原因 (甘油、盐、pH、有机试剂)

在不同条件下,酶活性大致分三种状态(粗略理解)
1.正常工作(特异切,活性)
2.非正常工作(乱切,星活性)
3.不工作(不切,失活)
一般酶会因缓冲液不同及各种离子的影响在这三种状态间变化
特异性好的酶,可能就在1与3这两个状态形式多一些,就是或者切或者不切
而有些酶可能会出现状态2的形式
从这个意义上说,任何酶都是可能出现星活性的(在不合适的缓冲条件下)

所以在酶的使用过程中,时刻堤防星活性的出现
具体做法是尽量使用酶的最适buffer
酶量不易过多,因为酶保存液中50% glycerol,而最终酶工作体系中甘油不易超5%,超5%是易引起星活性的
DNA量不易过多,容易引起底物抑制

至于楼主提到”基因用NcoI克隆居然链接到了HIndIII的位点”,
我想可能是非物异的连接吧
就是说任何DNA的磷酸基与羟基都是有可能连接的
这种情况你可以用NcoI、HIndIII分别单切验证,应该都切不开,因为两个位点都死掉了
如果说NcoI的星活性恰好非特异的切出HIndIII位点而连入,好像不大可能,机率太小了

希望说的对你有帮助



2楼2008-08-18 17:45:02
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