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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物化学 » 转录因子
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满小南

新虫 (初入文坛)

[交流] 转录因子 已有2人参与

本人并非生物学出身，对转录因子不是很了解，现在看文献时有一个疑惑。作者实验用转录组测序方法证实响应细胞外营养元素A缺乏的若干上调基因是由转录因子B调控的，而A缺乏条件下转录因子B的基因表达量没有发生改变。请问转录因子B可能是怎样调控这些基因表达的呢（这个在文献中并没有提到过）？谢谢
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1楼 2015-08-11 10:55:59
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ghost910

新虫 (初入文坛)
★
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hello everyone,
i have finished differential expression analysis of my RNA-seq data and retrieve the transcripts of transcription factors(TF) from differentially expressed unigenes and non differentially expressed unigenes. then i have categorized those TFs to different TF families. then i realized there are many TFs sequences which blong to the same TF family overly expressed than some other TF families, some parts of my data:

TF_families        Differential        Unchanged
AP-2                              0                        2
ARID                      2                        5
bHLH                      8                       67
CG-1                              1                        1
COE                       0                                2
CP2                              0                        4
CSD                              0                        4
CSL                               0                        1
CUT                              1                        6
DDT                              0                       1
DM                              0                       6
E2F                             0                               3
ETS                             2                              10
Fork_head             2                               22
.
.
.
and i wanna find most expressed TF families in my DE TF sets. i saw a several papers analysed this kind of data and they used fisher's exact test for that. i searched some materials about fisher's exact test, but in those example fisher's test used for 2x2 contingency table, no more. here i still have no idea how to use fisher's test to my data. so could anyone explain to me how could i do solve this and is there any tool i can use for the analysis ?
any suggestion would be highly appreciated.
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5楼2015-09-06 19:08:44
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gaoxiang6803

铜虫 (小有名气)
★
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转录因子（多为蛋白），本身的表达和在胞内的浓度是可以不随其效应物/营养物的浓度变化而发生变化。比如说转录因子B在细胞内浓度不变，但当A充足的时候，其没有活性(eg:A与B结合，可以抑制转录因子B结合其靶基因)，当A缺乏时，A从转录因子B中解离下来，解除抑制，B就可以激活靶基因表达，使其转录上调
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2楼2015-08-11 12:31:31
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满小南

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoxiang6803 at 2015-08-11 12:31:31
转录因子（多为蛋白），本身的表达和在胞内的浓度是可以不随其效应物/营养物的浓度变化而发生变化。比如说转录因子B在细胞内浓度不变，但当A充足的时候，其没有活性(eg:A与B结合，可以抑制转录因子B结合其靶基因)， ...

除转录因子B和营养物A结合受抑制之外，还有没其他可能的作用机理？如果现在营养物C和A竞争性与转录因子B结合，C的结合能力大于A是否也可以导致转录因子的激活？谢谢
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3楼2015-08-11 14:07:41
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gaoxiang6803

铜虫 (小有名气)
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引用回帖:
3楼: Originally posted by 满小南 at 2015-08-11 14:07:41
除转录因子B和营养物A结合受抑制之外，还有没其他可能的作用机理？如果现在营养物C和A竞争性与转录因子B结合，C的结合能力大于A是否也可以导致转录因子的激活？谢谢...

我上面的只是为了简单说明，举一个例子，效应物与转录因子结合的作用机理很多，结合与解离，亲和力不同也是一种表现方式。你最好还是看看转录调控相关的综述，那里面会讲的比较清楚
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4楼2015-08-12 07:41:03
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