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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 具有多个domain的蛋白家族构建进化树时要把除domain之外的序列全部删掉吗
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半檐雨

银虫 (初入文坛)

[求助] 具有多个domain的蛋白家族构建进化树时要把除domain之外的序列全部删掉吗 已有1人参与

如题，如果是除domain之外全部删除，那删除之后是直接把各个domain拼接起来吗，各个domain的顺序要跟其在蛋白上的顺序一致吗
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1楼 2015-08-11 10:20:13
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半檐雨

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jinxuan0904 at 2015-08-11 13:44:34
不用，用bioedit进行同源比对，切去多余的就行，再利用MegA 建立系统树！

谢谢，请问用bioedit进行同源比对用的是clustalw方法吗，切去多余的，这里“多余”的具体是指比对之后的哪段序列呢？
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4楼2015-08-13 09:14:24
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jinxuan0904

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-08-14 23:28:39
半檐雨: 金币+20, ★有帮助 2015-08-20 09:49:58
不用，用bioedit进行同源比对，切去多余的就行，再利用MegA 建立系统树！
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2楼2015-08-11 13:44:34
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jinxuan0904

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 半檐雨 at 2015-08-13 09:14:24
谢谢，请问用bioedit进行同源比对用的是clustalw方法吗，切去多余的，这里“多余”的具体是指比对之后的哪段序列呢？...

bioedit切同源比对后，多余的！
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5楼2015-08-14 20:21:32
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qjzhihua

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jinxuan0904 at 2015-08-14 20:21:32
bioedit切同源比对后，多余的！...

切去多余的，意思是只要中间大家都有的那一段吗？怎么切啊？一个一个的删吗？有没有快捷的方法啊？
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6楼2015-09-08 10:25:37
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