| 查看: 2930 | 回复: 7 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
xiaoxuan1111铁杆木虫 (正式写手)
|
[求助]
集群下Castep多CPU计算出现问题 已有1人参与
|
|||
|
我用的是学校的集群，利用castep进行几何优化，pbs文件如下 #!/bin/sh #PBS -N pppa #PBS -l nodes=1:ppn=8 #PBS -o /home/lgx2015/out #PBS -e /home/lgx2015/err #PBS -m bae cd /home/lgx2015/aa5 /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh Cs2NaYF6 这样是可以运行的，大概一个小时就能得到结果，但是这样是单核计算，因为我还有更复杂的计算，单核有点慢，所以想多核运行。 我把它改成多核的话，就是把上面的pbs文件最后一行改为/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np 8 Cs2NaYF6 只是加了-np 8 任务提交上去后，发现集群倒是分配了相应的节点和CPU，但是实际上并不进行运算 请问这种情况，问题出在哪里呢？ 学校的集群并没有安装materials studio,我是在自己的用户目录下安装的 就是说我可以单核运行castep，多核就不行了，这个怎么办呢，是哪里设置有问题吗 这些修改操作我都完成了，修改Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/data下的machines.LINUX， 写上各节点的机器名：CPU数。 修改Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Gateway/root_default/dsd/conf文件夹里面两个文件里的CPU数为各节点CPU总数。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 xuexijisuan | 可能会用到的 |
» 猜你喜欢
电子信息270求调剂
已经有6人回复
-
求调剂
已经有10人回复
-
求调剂
已经有4人回复
-
化学308分求调剂
已经有13人回复
-
336材料与化工085600求调剂
已经有20人回复
-
328求调剂
已经有9人回复
-
285求调剂
已经有17人回复
-
一志愿0703化学招61最终排名62化学求调剂
已经有3人回复
-
278求调剂
已经有4人回复
-
388求调剂
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Castep多CPU计算的问题解决了，又遇到了不能多节点计算的问题
已经有7人回复
- ion set Q at origin recip failure to write recip Q0错误解决方法
已经有3人回复
- castep计算总是出错，算了半个月了，天天出错
已经有12人回复
- Fedora 16下MS5.5分子力学模块运行不正常
已经有1人回复
devinhu
木虫 (小有名气)
- 应助: 37 (小学生)
- 金币: 2459.6
- 红花: 20
- 帖子: 160
- 在线: 210小时
- 虫号: 1408034
- 注册: 2011-09-19
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2015-08-07 21:10:12
devinhu
木虫 (小有名气)
- 应助: 37 (小学生)
- 金币: 2459.6
- 红花: 20
- 帖子: 160
- 在线: 210小时
- 虫号: 1408034
- 注册: 2011-09-19
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaoxuan1111: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢，还是有点问题 2015-08-07 22:04:59
xiaoxuan1111: 金币+40, ★★★很有帮助, 非常感谢，搞了一上午，问题解决了 2015-08-08 12:36:29
感谢参与，应助指数 +1
xiaoxuan1111: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢，还是有点问题 2015-08-07 22:04:59
xiaoxuan1111: 金币+40, ★★★很有帮助, 非常感谢，搞了一上午，问题解决了 2015-08-08 12:36:29
|
#!/bin/bash #PBS -N test1 #PBS -r n #PBS -j oe #PBS -l walltime=72:00:00 #PBS -l nodes=4:ppn=8 #PBS -q normal project_name=CO_1 # change name here!!! EXE=castepexe.exe ########################################################## # The following should be no need to # change any of these settings for normal use. ########################################################## # go to work dir cd $PBS_O_WORKDIR # setup mpd env (Of course use some other secret word than "dfadfs"  if [ ! -f ~/.mpd.conf ]; then /bin/echo "secretword=dfadfs" >> ~/.mpd.conf /bin/chmod 600 ~/.mpd.conf fi # setup Nums of Processor NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l` echo "Numbers of Processors: $NP" echo "---------------------------" echo `date` cat $PBS_NODEFILE | uniq # setup mpi env (em64t) #export OMP_NUM_THREADS=1 #export P4_GLOBMEMSIZE=1073741824 export I_MPI_PIN_DOMAIN=auto export MPD_CON_EXT=$PBS_JOBID # setup accelrys env source /data/apps/accelrys/ms60.sh mpirun -r ssh -genv I_MPI_FABRICS shm:dapl -n $NP $MS_INSTALL_ROOT/bin/$EXE $project_name rm -f *.pid echo `date` >> $HOME/finish echo `pwd` >> $HOME/finish exit 0 其中ms60.sh内容是 #!/bin/bash # Parallel Environment Setting for Materials Studio 6.0 export MS_INSTALL_ROOT=/data/apps/accelrys/MaterialsStudio6.0 export MSI_LIC_PACK_DIR=/data/apps/accelrys/LicensePack export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MSI_LIC_PACK_DIR/linux/lib:$MS_INSTALL_ROOT/lib export PATH=$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/etc/CASTEP/bin/:$MS_INSTALL_ROOT/etc/DMol3/bin/::$MS_INSTALL_ROOT/etc/GULP/bin export Castep_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep export Castep_TMP=/tmp export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/DMol3 export DMOL_TMP=/tmp export TMPDIR=$Castep_TMP . $MSI_LIC_PACK_DIR/etc/lp_profile eval `$MS_INSTALL_ROOT/share/license/data/lic_setup.sh $MS_INSTALL_ROOT -s sh` 注，我们的计算节点是通过IB网通信的，如果不是则直接mpirun -np $NP 你可以直接source /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/etc/lp_profile mpirun /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/castepexe.exe Cs2NaYF6 试试 |
2楼2015-08-07 21:03:50
devinhu
木虫 (小有名气)
- 应助: 37 (小学生)
- 金币: 2459.6
- 红花: 20
- 帖子: 160
- 在线: 210小时
- 虫号: 1408034
- 注册: 2011-09-19
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2015-08-07 21:04:29
xiaoxuan1111
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 5648.8
- 散金: 20
- 红花: 3
- 帖子: 418
- 在线: 948.2小时
- 虫号: 1547569
- 注册: 2011-12-22
- 性别: GG
- 专业: 热物性与热物理测试技术
|
谢谢你，但还是有问题。 你给的这个 source/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/etc/lp_profile mpirun/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/castepexe.exe Cs2NaYF6 一些路径有点儿错误，我找到了我所安装的软件的lp_profile、mpirun和castepexe.exe分别所在的位置，改过来后还是不能多CPU运行 其实我很怀疑是我软件安装后的设置有问题，我把/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/data下的machines.LINUX中的node1改成我的登陆节点名的话，是可以多CPU运行的，但集群管理员说这样做就指定了节点，是被禁止的，集群要自动分配节点，让我找一下软件的设置问题。 就是说，我不指定节点而由集群自动分配节点的话，只能单CPU运行，指定节点倒是可以多CPU运行，但会被管理员禁止。 你给我的这个pbs脚本好长啊，我试试我可不可以用…… |
5楼2015-08-07 22:20:40
