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#!/bin/bash #PBS -N test1 #PBS -r n #PBS -j oe #PBS -l walltime=72:00:00 #PBS -l nodes=4:ppn=8 #PBS -q normal project_name=CO_1 # change name here!!! EXE=castepexe.exe ########################################################## # The following should be no need to # change any of these settings for normal use. ########################################################## # go to work dir cd $PBS_O_WORKDIR # setup mpd env (Of course use some other secret word than "dfadfs" ![]() if [ ! -f ~/.mpd.conf ]; then /bin/echo "secretword=dfadfs" >> ~/.mpd.conf /bin/chmod 600 ~/.mpd.conf fi # setup Nums of Processor NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l` echo "Numbers of Processors: $NP" echo "---------------------------" echo `date` cat $PBS_NODEFILE | uniq # setup mpi env (em64t) #export OMP_NUM_THREADS=1 #export P4_GLOBMEMSIZE=1073741824 export I_MPI_PIN_DOMAIN=auto export MPD_CON_EXT=$PBS_JOBID # setup accelrys env source /data/apps/accelrys/ms60.sh mpirun -r ssh -genv I_MPI_FABRICS shm:dapl -n $NP $MS_INSTALL_ROOT/bin/$EXE $project_name rm -f *.pid echo `date` >> $HOME/finish echo `pwd` >> $HOME/finish exit 0 ÆäÖÐms60.shÄÚÈÝÊÇ #!/bin/bash # Parallel Environment Setting for Materials Studio 6.0 export MS_INSTALL_ROOT=/data/apps/accelrys/MaterialsStudio6.0 export MSI_LIC_PACK_DIR=/data/apps/accelrys/LicensePack export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MSI_LIC_PACK_DIR/linux/lib:$MS_INSTALL_ROOT/lib export PATH=$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/etc/CASTEP/bin/:$MS_INSTALL_ROOT/etc/DMol3/bin/::$MS_INSTALL_ROOT/etc/GULP/bin export Castep_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep export Castep_TMP=/tmp export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/DMol3 export DMOL_TMP=/tmp export TMPDIR=$Castep_TMP . $MSI_LIC_PACK_DIR/etc/lp_profile eval `$MS_INSTALL_ROOT/share/license/data/lic_setup.sh $MS_INSTALL_ROOT -s sh` ×¢£¬ÎÒÃǵļÆËã½ÚµãÊÇͨ¹ýIBÍøÍ¨Ðŵģ¬Èç¹û²»ÊÇÔòÖ±½Ómpirun -np $NP Äã¿ÉÒÔÖ±½Ósource /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/etc/lp_profile mpirun /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/castepexe.exe Cs2NaYF6 ÊÔÊÔ |
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