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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 集群下Castep多CPU计算出现问题
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xiaoxuan1111

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 集群下Castep多CPU计算出现问题 已有1人参与

我用的是学校的集群，利用castep进行几何优化，pbs文件如下
#!/bin/sh
#PBS -N pppa
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -o /home/lgx2015/out
#PBS -e /home/lgx2015/err
#PBS -m bae
cd /home/lgx2015/aa5
/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh Cs2NaYF6

这样是可以运行的，大概一个小时就能得到结果，但是这样是单核计算，因为我还有更复杂的计算，单核有点慢，所以想多核运行。
我把它改成多核的话，就是把上面的pbs文件最后一行改为/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np 8 Cs2NaYF6
只是加了-np 8
任务提交上去后，发现集群倒是分配了相应的节点和CPU，但是实际上并不进行运算
请问这种情况，问题出在哪里呢？
学校的集群并没有安装materials studio,我是在自己的用户目录下安装的
就是说我可以单核运行castep，多核就不行了，这个怎么办呢，是哪里设置有问题吗
这些修改操作我都完成了，修改Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/data下的machines.LINUX，  写上各节点的机器名：CPU数。
修改Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Gateway/root_default/dsd/conf文件夹里面两个文件里的CPU数为各节点CPU总数。
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1楼 2015-08-07 18:39:00
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devinhu

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaoxuan1111: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢，还是有点问题 2015-08-07 22:04:59
xiaoxuan1111: 金币+40, ★★★很有帮助, 非常感谢，搞了一上午，问题解决了 2015-08-08 12:36:29
#!/bin/bash
#PBS -N test1
#PBS -r n
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=72:00:00
#PBS -l nodes=4:ppn=8
#PBS -q normal

project_name=CO_1    # change name here!!!
EXE=castepexe.exe



##########################################################
# The following should be no need to
#       change any of these settings for normal use.
##########################################################

# go to work dir
cd $PBS_O_WORKDIR
# setup mpd env (Of course use some other secret word than "dfadfs"
if [ ! -f ~/.mpd.conf ]; then
/bin/echo "secretword=dfadfs" >> ~/.mpd.conf
/bin/chmod 600 ~/.mpd.conf
fi
# setup Nums of Processor
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
echo "Numbers of Processors:  $NP"
echo "---------------------------"
echo `date`
cat $PBS_NODEFILE | uniq

# setup mpi env (em64t)
#export OMP_NUM_THREADS=1
#export P4_GLOBMEMSIZE=1073741824
export I_MPI_PIN_DOMAIN=auto
export MPD_CON_EXT=$PBS_JOBID

# setup accelrys env
source /data/apps/accelrys/ms60.sh

mpirun -r ssh -genv I_MPI_FABRICS shm:dapl -n $NP  $MS_INSTALL_ROOT/bin/$EXE $project_name
rm -f *.pid

echo `date` >> $HOME/finish
echo `pwd` >>  $HOME/finish

exit 0

其中ms60.sh内容是
#!/bin/bash
# Parallel Environment Setting for Materials Studio 6.0

export MS_INSTALL_ROOT=/data/apps/accelrys/MaterialsStudio6.0
export MSI_LIC_PACK_DIR=/data/apps/accelrys/LicensePack
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MSI_LIC_PACK_DIR/linux/lib:$MS_INSTALL_ROOT/lib
export PATH=$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/etc/CASTEP/bin/:$MS_INSTALL_ROOT/etc/DMol3/bin/::$MS_INSTALL_ROOT/etc/GULP/bin

export Castep_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep
export Castep_TMP=/tmp
export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/DMol3
export DMOL_TMP=/tmp
export TMPDIR=$Castep_TMP

. $MSI_LIC_PACK_DIR/etc/lp_profile
eval `$MS_INSTALL_ROOT/share/license/data/lic_setup.sh $MS_INSTALL_ROOT -s sh`

注，我们的计算节点是通过IB网通信的，如果不是则直接mpirun -np $NP

你可以直接source /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/etc/lp_profile
mpirun /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/castepexe.exe   Cs2NaYF6 试试
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2楼2015-08-07 21:03:50
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devinhu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by devinhu at 2015-08-07 21:03:50
#!/bin/bash
#PBS -N test1
#PBS -r n
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=72:00:00
#PBS -l nodes=4:ppn=8
#PBS -q normal

project_name=CO_1    # change name here!!!
EXE=castepexe.exe



####### ...

忘记说明了，上面是我们的torque的脚本，，仅供参考
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3楼2015-08-07 21:04:29
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devinhu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by devinhu at 2015-08-07 21:03:50
#!/bin/bash
#PBS -N test1
#PBS -r n
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=72:00:00
#PBS -l nodes=4:ppn=8
#PBS -q normal

project_name=CO_1    # change name here!!!
EXE=castepexe.exe



####### ...

mpirun 后面少了 -np 8
如果显示没有mpirun 那么换成绝对路径/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/mpirun
另外，如果是直接用torque脚本的话conf等那些东西是不需要动就可以的
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4楼2015-08-07 21:10:12
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xiaoxuan1111

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by devinhu at 2015-08-07 21:03:50
#!/bin/bash
#PBS -N test1
#PBS -r n
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=72:00:00
#PBS -l nodes=4:ppn=8
#PBS -q normal

project_name=CO_1    # change name here!!!
EXE=castepexe.exe



####### ...

谢谢你，但还是有问题。
你给的这个
source/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/etc/lp_profile
mpirun/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/castepexe.exe   Cs2NaYF6
一些路径有点儿错误，我找到了我所安装的软件的lp_profile、mpirun和castepexe.exe分别所在的位置，改过来后还是不能多CPU运行
其实我很怀疑是我软件安装后的设置有问题，我把/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/data下的machines.LINUX中的node1改成我的登陆节点名的话，是可以多CPU运行的，但集群管理员说这样做就指定了节点，是被禁止的，集群要自动分配节点，让我找一下软件的设置问题。
就是说，我不指定节点而由集群自动分配节点的话，只能单CPU运行，指定节点倒是可以多CPU运行，但会被管理员禁止。
你给我的这个pbs脚本好长啊，我试试我可不可以用……
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5楼2015-08-07 22:20:40
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devinhu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xiaoxuan1111 at 2015-08-07 22:20:40
谢谢你，但还是有问题。
你给的这个
source/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/etc/lp_profile
mpirun/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/castepexe.exe   Cs2NaYF6 ...

节点指定是通过torque里面有个类似有machines.LINUX的文件控制的，。。所以这个文件可以不用动
一开始的回答有问题。。我后面补充了
/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/mpirun -np 8  /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/castepexe.exe   Cs2NaYF6
如果出错了，记得把出错信息贴出来，，例如/home/lgx2015/err和/home/lgx2015/out文件
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6楼2015-08-07 23:04:17
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devinhu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xiaoxuan1111 at 2015-08-07 22:20:40
谢谢你，但还是有问题。
你给的这个
source/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/etc/lp_profile
mpirun/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/castepexe.exe   Cs2NaYF6 ...

你可以参照我的pbs脚本，，但是注意改路径
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7楼2015-08-07 23:05:16
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xiaoxuan1111

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by devinhu at 2015-08-07 21:03:50
#!/bin/bash
#PBS -N test1
#PBS -r n
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=72:00:00
#PBS -l nodes=4:ppn=8
#PBS -q normal

project_name=CO_1    # change name here!!!
EXE=castepexe.exe



####### ...

我今天上午又试着弄了一下，最后终于弄好了。
我的PBS脚本是没问题的，问题出在当时安装软件时我按照一些教程的说法把machines.LINUX文件给改动了。
我现在把它改成
localhost:24
localhost:24
localhost:24
就没问题了，可以多CPU运行，而且不是在我的登陆节点上，由集群自动分配节点。
仍然非常感谢你的帮助，小木虫上总是有很多热心的人，金币全给你吧
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8楼2015-08-08 12:42:32
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