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xiaoxuan1111铁杆木虫 (正式写手)
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集群下Castep多CPU计算出现问题 已有1人参与
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我用的是学校的集群，利用castep进行几何优化，pbs文件如下 #!/bin/sh #PBS -N pppa #PBS -l nodes=1:ppn=8 #PBS -o /home/lgx2015/out #PBS -e /home/lgx2015/err #PBS -m bae cd /home/lgx2015/aa5 /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh Cs2NaYF6 这样是可以运行的，大概一个小时就能得到结果，但是这样是单核计算，因为我还有更复杂的计算，单核有点慢，所以想多核运行。 我把它改成多核的话，就是把上面的pbs文件最后一行改为/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np 8 Cs2NaYF6 只是加了-np 8 任务提交上去后，发现集群倒是分配了相应的节点和CPU，但是实际上并不进行运算 请问这种情况，问题出在哪里呢？ 学校的集群并没有安装materials studio,我是在自己的用户目录下安装的 就是说我可以单核运行castep，多核就不行了，这个怎么办呢，是哪里设置有问题吗 这些修改操作我都完成了，修改Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/data下的machines.LINUX， 写上各节点的机器名：CPU数。 修改Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Gateway/root_default/dsd/conf文件夹里面两个文件里的CPU数为各节点CPU总数。 |
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 xuexijisuan | 可能会用到的 |
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【答案】应助回帖
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xiaoxuan1111: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢，还是有点问题 2015-08-07 22:04:59
xiaoxuan1111: 金币+40, ★★★很有帮助, 非常感谢，搞了一上午，问题解决了 2015-08-08 12:36:29
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#!/bin/bash #PBS -N test1 #PBS -r n #PBS -j oe #PBS -l walltime=72:00:00 #PBS -l nodes=4:ppn=8 #PBS -q normal project_name=CO_1 # change name here!!! EXE=castepexe.exe ########################################################## # The following should be no need to # change any of these settings for normal use. ########################################################## # go to work dir cd $PBS_O_WORKDIR # setup mpd env (Of course use some other secret word than "dfadfs"  if [ ! -f ~/.mpd.conf ]; then /bin/echo "secretword=dfadfs" >> ~/.mpd.conf /bin/chmod 600 ~/.mpd.conf fi # setup Nums of Processor NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l` echo "Numbers of Processors: $NP" echo "---------------------------" echo `date` cat $PBS_NODEFILE | uniq # setup mpi env (em64t) #export OMP_NUM_THREADS=1 #export P4_GLOBMEMSIZE=1073741824 export I_MPI_PIN_DOMAIN=auto export MPD_CON_EXT=$PBS_JOBID # setup accelrys env source /data/apps/accelrys/ms60.sh mpirun -r ssh -genv I_MPI_FABRICS shm:dapl -n $NP $MS_INSTALL_ROOT/bin/$EXE $project_name rm -f *.pid echo `date` >> $HOME/finish echo `pwd` >> $HOME/finish exit 0 其中ms60.sh内容是 #!/bin/bash # Parallel Environment Setting for Materials Studio 6.0 export MS_INSTALL_ROOT=/data/apps/accelrys/MaterialsStudio6.0 export MSI_LIC_PACK_DIR=/data/apps/accelrys/LicensePack export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MSI_LIC_PACK_DIR/linux/lib:$MS_INSTALL_ROOT/lib export PATH=$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/etc/CASTEP/bin/:$MS_INSTALL_ROOT/etc/DMol3/bin/::$MS_INSTALL_ROOT/etc/GULP/bin export Castep_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep export Castep_TMP=/tmp export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/DMol3 export DMOL_TMP=/tmp export TMPDIR=$Castep_TMP . $MSI_LIC_PACK_DIR/etc/lp_profile eval `$MS_INSTALL_ROOT/share/license/data/lic_setup.sh $MS_INSTALL_ROOT -s sh` 注，我们的计算节点是通过IB网通信的，如果不是则直接mpirun -np $NP 你可以直接source /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/etc/lp_profile mpirun /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/castepexe.exe Cs2NaYF6 试试 |
2楼2015-08-07 21:03:50
devinhu
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谢谢你，但还是有问题。 你给的这个 source/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/etc/lp_profile mpirun/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/castepexe.exe Cs2NaYF6 一些路径有点儿错误，我找到了我所安装的软件的lp_profile、mpirun和castepexe.exe分别所在的位置，改过来后还是不能多CPU运行 其实我很怀疑是我软件安装后的设置有问题，我把/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/data下的machines.LINUX中的node1改成我的登陆节点名的话，是可以多CPU运行的，但集群管理员说这样做就指定了节点，是被禁止的，集群要自动分配节点，让我找一下软件的设置问题。 就是说，我不指定节点而由集群自动分配节点的话，只能单CPU运行，指定节点倒是可以多CPU运行，但会被管理员禁止。 你给我的这个pbs脚本好长啊，我试试我可不可以用…… |
5楼2015-08-07 22:20:40
devinhu
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