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ggyy0911

铁虫 (正式写手)

[求助] 毕赤酵母在筛选板上长的很好,但是PCR鉴定不出来是怎么回事? 已有3人参与

我做的GS115,pPIC9k载体还有X33,pPICZαA载体。一个用His缺陷筛选,一个用zeocin浓度筛选。
  电转之后两者都长的很好,甚至zeocin 100ug/ml的板子,之前做电转都没长几个,这几次也长的不错。G418浓度也筛到0.3mg/ml了。
  可是我怎么都鉴定不出来。要不就是好不容易P出来,条带大小又不是很符合。
  通用引物又只P出来了一条带,所以我完全没办法确定到底是怎么回事。
  说没转进去吧,它又长的很好。说转进去了吧,我又P不出来。
  
  我用别人鉴定过的样品试验了一下,一端通用一端特异能P出来,但是两端通用结果也不好,一条酵母自身,一条空载500bp。
  然后PCR了我做电转的线性化质粒,也能P出条带。说明我的质粒,酶,体系都没啥问题吧?
  
  唯一的解释就是没转进去和没转进去该转的。
  没转进去,那不会长,我做了对照。虽然位转的酵母能在筛选平板上生长,但绝对不会长的这么密,而且个大圆润饱满。
  没转进去该转的,我的线性化质粒是新鲜的,已测序,从提质粒到纯化完成会跑两次胶确定大小。电转期间有什么步骤会让质粒破碎吗?那我之前做也没问题呀。
  考虑过质粒残留污染,恰好我期间用了一次全新的电击杯,用这些新电击杯的样,同样存在这种问题。
  并且之前也已经做了将近10次了,电击杯也一直重复利用,没有这种情况出现。
  
  再做,也不知道该从哪找原因了。求高人救救我吧!!半个月来就死在这了,实在不能相信居然连转三次P不出来。
  和从前唯一的区别是这三次去做我-80冻存过感受态,最多就冻存了4个小时,因为借的仪器,得配合那边的时间。但是冻存应该只影响转化效率吧,我的板子长的真心是好啊。到底是什么原因导致它鉴定不出来呢!!
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棘白菌素

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
分子实验,有时候就是步骤都对,结果却总是有些偏差,所以说分子实验有个好运气也是很重要的,
看你分析的这么细致,我就画蛇添足一下,1、会不会是引物的问题,重新设计下引物;2、提取转化后的质粒,酶切鉴定,可以用多次多个限制性内切酶验证,查看是不是你的完整质粒。

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青春留不住,白发自然生!
3楼2015-08-07 13:47:20
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查看全部 22 个回答

awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你是直接菌落PCR还是提取了基因组在PCR?
2楼2015-08-07 12:24:27
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ggyy0911

铁虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 棘白菌素 at 2015-08-07 13:47:20
分子实验,有时候就是步骤都对,结果却总是有些偏差,所以说分子实验有个好运气也是很重要的,
看你分析的这么细致,我就画蛇添足一下,1、会不会是引物的问题,重新设计下引物;2、提取转化后的质粒,酶切鉴定 ...

谢谢回复~~~
  提取质粒做酶切是个好办法,确实比PCR靠谱。我这两天就安排做上。
  引物重新设计好像也不能优化到哪去了,毕竟之前我一直用这个引物,都能P出来。我从没启用过的干粉引物重配可以吗?
4楼2015-08-07 15:51:42
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ggyy0911

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-08-07 12:24:27
你是直接菌落PCR还是提取了基因组在PCR?

谢谢回复~
  菌落PCR的,用了Takara的裂解液。我觉得这个应该只存在假阳性的问题吧。
  因为有前面很多次的鉴定做对照,还有我用了别人的菌做了对照。之前几次和别人的菌用同样的裂解液是可以P出来的。一直以来我都还觉得这个方法挺靠谱的。
  请问一下你们是提酵母基因组再PCR的吗?是用的试剂盒还是玻璃珠法?我们实验室都没有玻璃珠……
5楼2015-08-07 15:55:11
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