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【求助】继续请教周期性边界问题
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在我发过的帖子里边我有请教过这个问题，得到了各位好心的大侠的悉心指教，在此再次叩谢！！！！！！！！！！！！！！！ 只是，小女子太笨拙，在计算中仍然有迷惑的地方，所以还请各位大侠能再次赐教~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 以一个系统包含了a,b,c,d,e,f,g个原子为例(a,b,c三个原子在模拟盒左边，d原子在模拟盒中间，e,f,g三个原子在模拟盒右边)，这7个原子之间的关系是：a-b,a-c,b-c,c-d 成键，而d-e,e-f,f-g成键，原子之间成键是按照作用距离来判断的。当系统运动一段时间后，g原子从模拟盒右边出来了，按照周期性边界条件，g原子的镜像原子g'从左边进来，g原子的坐标被g'原子的坐标替换，从而对g原子的关注转移到g'上了。在计算力时，则按照最小镜像原则，即如果f-g'的距离大于半个模拟盒边长的长度，则按照f原子与g'原子的镜像原子的距离来计算，这样可以继续保持f-g 成键的事实。但是这里同样出现了一个问题，那就是，g原子变成了g'原子后，它的位置变到了模拟盒左边，这时，它离a,b,c 这些原子很近，按照距离来确定成键的原则，这时a,b,c 可能与g'原子有了相互作用，甚至形成了键，但这是不符合最初系统的构型的，而且我想象不出来g原子因为离开了模拟盒，而能通过周期性边界条件和最小镜像的使用能使得它回到原来的位置去呢，那么如果不能了，这样的构型实质性的发生了变化呢！这样的结果怎么可能正确呢？实在迷惑不解中。。。。。。。。。 [ Last edited by 素婕求学 on 2008-8-15 at 04:16 ] |
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2楼2008-08-15 04:15:00
3楼2008-08-15 09:33:38
4楼2008-08-15 11:55:33
acridine
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lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
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>但是这里同样出现了一个问题，那就是，g原子变成了g'原子后，它的位置变到了模拟盒左边，这时，它离a,b,c 这些原子很近，按照距离来确定成键的原则，这时a,b,c 可能与g'原子有了相互作用，甚至形成了键，但这是不符合最初系统的构型的... 没太弄清楼主的疑问在哪。在你的初始构型下，把a放在了左侧，g在右侧，那么正如楼主所说，根据最小镜像原则，它们初始的距离就是很近，之后在运动中成键也是完全可能的，可以说与初始构型并没有矛盾。如果楼主所希望的是a和g远离，那么是你的初始结构设置有问题。 总之关键就在于：在楼主所设置的初始形貌下，a和g是很近的 [ Last edited by acridine on 2008-8-15 at 19:50 ] |
5楼2008-08-15 19:48:18
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----------------------------------------------------------------------------------------------------- 在初始构型中，a和g' 原子是不成键的 但是当g原子离开了模拟盒，而镜像原子从左边进来后，它离模拟盒左边的原子比较近，如果按照循环计算原子间距离来判断，它们完全有可能产生相互作用甚至成键了，除非在循环计算原子间距时， 不再考虑已经离开模拟盒的原子与之前和它没有相互作用的原子间的计算，而只考虑它和它原来有相互作用的原子间的计算的话，才能避免这种情形的出现。但是，在MD中，实际是这样处理的嘛？如果这样处理的话，镜像原子能回到原子原来所处的位置嘛？实在是迷惑不解呀。。。。。。。。。。。。 |
6楼2008-08-16 01:30:19
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----------------------------------------------------------------------------------------------------- 前面的回复不太清楚，贴个图来说明一下吧！ 如下图所示，原子12离开了模拟盒，其镜像原子12' 从模拟盒左边又回到了模拟盒。原子12最初时和10，11，2这三个原子都成键，当它离开模拟盒后，其镜像原子的位置处于一个石墨原胞之内，12' 可能与2，1，4分别成键，那这样的话，不是就不满足最初的模型了吗？而且，当我用visualization的软件处理时，也同样会出错，因为原子12的坐标换成了12'，显示原子空间图时，原子12的位置就变成了如图示12’的位置，这样的结构图看起来就很不对了。 哎，问题好多呀，希望我能说明白了，看明白了的高手如果知道问题所在的话，麻烦指点一下，感激不尽。。。。。。。。。。。。。。。。  [ Last edited by 素婕求学 on 2008-8-16 at 03:39 ] |
7楼2008-08-16 03:23:24
acridine
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，从图上看问题也有可能不是在边界的处理上8楼2008-08-16 08:58:13
9楼2008-08-19 14:35:06
10楼2008-09-09 04:51:56