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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps模拟中，dump输出错误
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lcl1cxt

金虫 (小有名气)

[求助] lammps模拟中，dump输出错误 已有1人参与

错误 Dump custom compute does not calculate per-atom vector (../dump_custom.cpp:1171)怎么解决？
我用的compute s all stress/atom  myTemp
dump  2  all  cfg  200 dump.deform_*.cfg mass type xs ys zs id  c_s
手册中dump命令解释说可以输出才c_ID的 per-atom vector的啊，为什么输出不了呢？ 大神们怎么输出每个原子的应力的呢？会的可以帮我解释一下吗？
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1楼 2015-08-06 10:42:44
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xbb20121991

银虫 (小有名气)
这几天在网上查了查。我找到一些原来的帖子，然后里面有些方法。楼主不妨看看
http://muchong.com/html/201402/7021543.html。
http://simulation.haotui.com/thread-5601-1-2.html

我在想，应力输出是BarA^3.
单个原子的体积可不可以算成，（lattice constant)^3/晶胞内的原子数。
这样如果能表示每个原子所占的体积，这样的结果不知道是否可靠。这也是上面的帖子里所探讨的。
有机会和楼主继续交流
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7楼2015-08-11 09:50:33
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普通回帖

xbb20121991

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lcl1cxt: 金币+5, ★有帮助 2015-08-07 11:17:50
compute s all stress/atom
计算出来结果有6个分量，分别对应xx,yy,zz,xy,xz,yz。你如果想dump输出，可能要写出c_s[1]之类的。
不过你还要注意它的单位是stress*volume
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2楼2015-08-06 12:57:04
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lcl1cxt

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xbb20121991 at 2015-08-06 12:57:04
compute s all stress/atom
计算出来结果有6个分量，分别对应xx,yy,zz,xy,xz,yz。你如果想dump输出，可能要写出c_s之类的。
不过你还要注意它的单位是stress*volume

谢谢你，我知道输出了c_s[1]是可以，但是怎么输出除以体积了的单个原子的应力？
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3楼2015-08-07 11:46:13
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xbb20121991

银虫 (小有名气)
lammps手册写的
compute              peratom all stress/atom NULL
compute              p all reduce sum c_peratom[1] c_peratom[2] c_peratom[3]
variable     press equal -(c_p[1]+c_p[2]+c_p[3])/(3*vol)
thermo_style custom step temp etotal press v_press
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4楼2015-08-07 13:00:11
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xbb20121991

银虫 (小有名气)
不好意思，看错了你的问题。
手册上的是一个部分的应力
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lcl1cxt
5楼2015-08-07 13:02:29
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lcl1cxt

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by xbb20121991 at 2015-08-07 13:02:29
不好意思，看错了你的问题。
手册上的是一个部分的应力

,没关系，多谢指教
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努力
6楼2015-08-10 15:26:26
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lcl1cxt

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by xbb20121991 at 2015-08-11 09:50:33
这几天在网上查了查。我找到一些原来的帖子，然后里面有些方法。楼主不妨看看
http://muchong.com/html/201402/7021543.html。
http://simulation.haotui.com/thread-5601-1-2.html

我在想，应力输出是BarA^3.
...

谢谢分享，前两天有人给我介绍了一种：
compute s all stress/atom  myTemp
compute vorovol all  voronoi/atom
variable Press1 atom  "c_s[1]/(10000.0* c_vorovol[1])"
你觉得是否可以参考一下，不过也是取了分量[1]
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8楼2015-08-11 13:34:25
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xbb20121991

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lcl1cxt at 2015-08-11 13:34:25
谢谢分享，前两天有人给我介绍了一种：
compute s all stress/atom  myTemp
compute vorovol all  voronoi/atom
variable Press1 atom  "c_s/(10000.0* c_vorovol)"
你觉得是否可以参考一下，不过也 ...

行，我去试试。这就算是除了一个voronoi体积
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9楼2015-08-11 17:40:54
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lcl1cxt

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by xbb20121991 at 2015-08-11 17:40:54
行，我去试试。这就算是除了一个voronoi体积...

好的，你是模拟什么的？
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10楼2015-08-13 20:56:11
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