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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

[求助] 二代测序为什么有的用G有的用reads代表测序深度? 已有1人参与

在对样本进行测序时,例如转录组RNA-seq,测序深度是用 4G、6G或者8G代表。 而small RNA测序则是用 10M reads,20M reads代表测序深度。
问:为什么用reads表示测序深度? 而不用G了呢?
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你,长大了吗?~有目的的希望小木虫不要倒闭
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stone856

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
xingzhou823: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 明白了,谢谢 2015-08-06 13:40:32
small RNA测序则一般用50SE,一条read就可以覆盖一条small RNA。所以有多少reads就证明有多少small RNA被测到了。
一般转录组测序,打断的片段大小是不一样的,而且有时候双端可测通,有时测不通,用read来算的话没有多少意义。还是用数据量来表示。
2楼2015-08-06 09:43:35
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chenyu600

禁虫 (小有名气)

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3楼2015-08-08 23:53:55
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