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水草

[交流] BstX1酶切问题

BstX1酶切问题

有用过BstX1的吗?

我的质粒要BstX1和Hindlll双酶切,由于Hindlll Buffer M,37度,BstX1 Buffer H,45度。我先Hindlll 切,跑电泳看都切开了,其余的液体纯化回收,BstX1 切,结果切不动,过夜也不行。能给点建议吗?谢谢!

[ Last edited by 水草 on 2008-8-14 at 19:55 ]
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xyklmu

至尊木虫 (知名作家)

虫眼看世界

★ ★ ★
水草(金币+3,VIP+0):谢谢!我查查两个酶的距离,看图谱是很近。
楼主没有说清楚的是,你的两个酶切位点之间有多大的距离??
有时候距离太小的时候,第一个酶切过之后,影响了第二个酶切的位点识别。并不是说有酶切位点,这个酶就会结合上进行酶切的,有时候酶需要先结合在一些看似无关的DNA序列上,然后有一个识别的过程。所以我们有时在设计带酶切位点的引物进行pcr的时候,经常在酶切位点的5端额外设计几个无关的序列。
楼主可以把质粒的多克隆位点拷贝出来或者抓图,看看是否属于这个原因。还得详查这个酶的生产商的catolog,看有无这种情况。
另外,如果是空质粒的话,两个切点相距很近的时候,切开和没有切开你是如何判断的?有单酶切的对照吗??
位卑未敢忘忧国。
9楼2008-08-16 02:06:54
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

★ ★
水草(金币+2,VIP+0):谢谢!
如果是先BstX1呢?有没有试过
如果这样还切不动那么怀疑是酶的问题
当然不排除DNA提得不干净(但也不至于完全切不动)
2楼2008-08-14 19:38:49
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chysx6

铁杆木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
水草(金币+4,VIP+0):谢谢!
用BstX1酶单切,
如果切不开,就考虑酶本身的问题,解决方法,再买一支酶
如果切开了,那就是楼主先用HindIII切完后对DNA造成的影响,解决方法,先用BstX1酶单切,回收后再用HindIII切
3楼2008-08-14 20:26:14
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chysx6

铁杆木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
水草(金币+10,VIP+0):谢谢!我去试试。
补充一点
从BstX1本身的识别序列分析,
5' ... C C A N N N N N^N T G G ... 3'
3' ... G G T N^N N N N N A C C ... 5'
可见其为大亚基的限切酶
这种酶从动力学过程上来说,对环型DNA的切割很容易比对线型DNA切割效果好,
分子过程是结合于DNA上某些序列,向下扫描至酶切位点
而本身的环型结构也利于酶的切割
所以在酶确定好使的情况下,强烈建议楼主先进行BstX1的酶切
4楼2008-08-14 20:43:11
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