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feehy

金虫 (小有名气)

[交流] 关于测序的问题

小弟弱弱的问下,什么是双向测序,引物如何设计?多谢各位了。
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hqhe

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
reasonspare(金币+3,VIP+0):thx
DNA是两条互补序列,单向测序就是从一个方向测,也就是直接得到一条链的序列;双向测就和PCR一样是分别根据两条链的5'端扩增而测序,得到两条链的序列。
一般来说,在没有特殊要求的情况下,上海生工这样的测序公司的测序结果在800个核苷酸内是非常可靠的,1000个核苷酸内相对可靠,1200以后都只能做参考了。
因此,如果你的基因序列在1500个左右,你从一个方向测定的结果就不能准确判断后面500-700核苷酸序列的正确与否,就需要另一个方向也测,然后把两个结果分别取其可靠的部分综合判断
至于测序的引物,如果你是连接在常用的载体上的,只需要告诉公司你连接的载体是什么,公司有相应的通用引物的,如果你连接到其它一些公司没有相应测序引物的载体上,就需要提供引物序列,最好是你扩增基因的PCR引物序列,这样能保证把你的序列都包含在内
说了这么多,不知道说清楚没有,希望能对你有所帮助
2楼2008-08-13 09:42:50
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feehy

金虫 (小有名气)

好的,多谢。我们都是自己测序,在800bp左右。拿到单向测序的序列后如何进行blast呢?
3楼2008-08-13 09:51:52
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jasco

木虫 (正式写手)

★ ★
reasonspare(金币+2,VIP+0):thx
引用回帖:
Originally posted by feehy at 2008-8-13 09:51:
好的,多谢。我们都是自己测序,在800bp左右。拿到单向测序的序列后如何进行blast呢?

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... mp;SHOW_DEFAULTS=on

测序结果贴进去
4楼2008-08-13 13:08:27
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lxlxyc

铜虫 (小有名气)

★
xyklmu(金币+1,VIP+0):感谢答复
在NCBI进行BLAST即可
5楼2008-08-14 10:47:17
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yangxu84

★
xyklmu(金币+1,VIP+0):感谢答复
双向的话要把两条结果拼接一下再比对
6楼2008-08-14 13:24:08
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feehy

金虫 (小有名气)

好的,多谢各位的帮助!
7楼2008-08-25 14:42:38
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