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zrk25

木虫 (小有名气)

[交流] 测序结果会有不对的时候吗 已有11人参与

今天拿到测序结果,比对发现根本不对,于是做了菌液Pcr发现有自己要的基因的条带,会不会是测序错了?有别的原因吗?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)


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测序出错的可能不大,菌液PCR经常也会出现假阳性,建议你先通过通用引物PCR、酶切等方法排除自己的问题。
2楼2015-07-28 00:33:11
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a86052

金虫 (正式写手)


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测序有出现错误的时候,但是一般是个别的突变什么的,很少出现完全不对的情况~正如楼上所言,菌夜PCR假阳性是不可忽视的问题~
3楼2015-07-28 09:04:19
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
测序也会出现问题啊,测序问题分析,可以看看吧,可能会有用 http://www.detaibio.com/topics/sequencing-sample-preprocess-faq.html
todayisdifficult,tomorrowismoredifficult,butthedayaftertomorrowisbeautiful
9楼2015-07-31 10:00:50
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普通回帖

远望集团

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
既然做菌液Pcr发现有自己要的基因的条带,如果可以的话,把条带切胶回收、纯化,然后以此为模板做PCR,如果是单一的符合大小的条带,拿这个去测序看看。
只要努力,一切皆有可能!更美的风景在那片更高的天空。。。
4楼2015-07-28 10:25:45
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pnkyh

铁虫 (小有名气)


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可能性是有的,但一般是一两个碱基的问题。也有过一次我们拿到的测序结果是我们以前送过的一个样品,不知道是对方上传错了还是系统数据错了。有时测得太混乱可以自己看一下图谱,但一般不会大范围出错。
5楼2015-07-28 10:46:18
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199006287956

木虫 (著名写手)


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做模板的DNA被出发的菌珠的DNA污染,导致目的基因混杂,测序失败。最近做的单位点突变,也需要测序,最可怕的就是污染出发菌珠。

[ 发自小木虫客户端 ]
追求不惜,奋斗不息
6楼2015-07-28 10:52:00
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admission

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你把引物输到blast,物种选择你所转的宿主菌,看看两个引物比对结果是否有相同的序列,如果有,则很可能测序结果就是该宿主菌的基因(相同的序列)

[ 发自小木虫客户端 ]
7楼2015-07-28 11:06:46
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aiaideenen

新虫 (初入文坛)

跟风,都是大婶
8楼2015-07-28 13:39:43
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戚海清

铜虫 (初入文坛)


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这说明是假阳性,如果真质疑测序结果,可以换家试试,万一给你测序的时候搞错了呢
努力争取,不言放弃
10楼2015-07-31 11:21:55
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