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yf-deng金虫 (正式写手)
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菜鸟提问，如何选取建树序列？谢谢！
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请问为什么有经过clustalw比对后相似度高的序列在用mega构建的进化树中亲缘关系反而远呢？还有就是且分支的可行度（分支上的数值，不知道我理解是否正确）还很小（低于30）。 遇到这种情况的话，如何选取序列进行分析好？难道是相似度一组数据？进化树又一组书籍？这样就牵涉到如何选取合适的序列来进行分析？个人认为如实单就某个基因或片段来分析群体间或群体内的差异倒是比较好选取序列，但是若是做的是以个物种的某个基因的话，在做分析的时候应该怎么样去选择序列来进行分析呢？我现在就卡在这里，以大堆序列不知道如何选取为好。不过我是这么想的，不知道对不对啊！大家姑妄听之 1、大的方向分析，比较这个基因在大的类群中的进化（比如哺乳类 爬行类 鸟类 鱼类） 2、稍小一点，该基因在该类群中的进化 3、该基因与其相似的基因或家族内基因的比较，我是我最不能把握的地方，如何来选取研究序列 基于我对选取研究的序列的三种可能不正确的认识弄的我是不知道怎么样去分析和选取好，希望大家能给与指正与点拨（我是没有时间也静不下来看书了，常识性的错误可能在所不免） 另外，请问聚类树和进化树有什么区别？ |
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yf-deng
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不同软件不同算法当然有可能是不一样的结果 其实，生物信息学的结果是无所谓准确的，只有最优的 其实要根据你的实验目的来选取序列 比如分析微生物的亲缘关系或者多态性，一般会选择16S rDNA 最经典拿来做进化分析的有细胞色素C等 按你的说法，往“大”做，选那些保守性很高的（不然结果很恶心……） 往“小”做，选保守性相对较低的，相当于在一个类群中拉开差距，才好判断 进化树其实就是根据相似性做一个分类得到的……所以用聚类的方法得到的就是进化树……个人理解~~~ |
7楼2008-08-16 00:17:34
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8楼2008-08-16 00:19:26
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三磷酸腺苷 讲得对，不同的算法以及不同的参数设置，有时候会导致相似度分析和进化树构建的结果有很大的差异，甚至会改变聚类的关系。 不过我觉得，现在做进化树的权威软件是Clustal和Phylips吧？ Maga软件用的很少。现在的Lasergene 7.0以上的版本也有参数方面的设置选项了，以前是一个默认的设置。 如何选取序列的确是一个很难的问题。这也得看你的目的是什么。选取一个基因的cds进行比较，相似度一般都会较高；而用全基因的fulllength序列进行比较的话，得到的结果还会不一样，而且还可以选取保守的那个结构域进行比较，你的着眼点不同，也需要选取不同的序列。 楼主的目的是对现存的物种进行分类还是？？知道你的目的才可能分析如何选择序列。还有就是你的手头上有了什么序列，或者可能会拿到什么序列？？ |
10楼2008-08-16 03:03:29
