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诺森德的雪

新虫 (初入文坛)

[求助] PrimerStarHS酶反向PCR做质粒的定点突变,目的条带很淡,点样孔却很亮,求大虾支招。 已有1人参与

质粒模板长度大约5.7kb,使用的酶是Takara公司的PrimerStarHS高保真酶,引物Tm值计算出来是59℃。
反应体系是:                                                             反应程序是:
2XPrimerStar GC Buffer(Mg2+)     12.5ul                    预变性  98℃            2min                        
dNTP Mixture                                  2ul                        变性     98℃             10s
引物1                                             0.5ul                      退火     Tm±5℃       15s
引物2                                             0.5ul                     延伸      72℃             6min
质粒模板                                        0.5ul                      延伸     72℃            10min
PrimerStarHS酶                              0.25ul                    第2到第4步总共进行30个循环
dd水                                              8.75ul
体系总体积                                    25ul

琼脂糖凝胶的浓度是0.8%,电泳条件:电压120V,电流120am,30min。

我曾经用57℃的退火温度扩增成功过,如图1:


但是之后再使用相同的体系和条件就P不出来了,于是我又做了温度梯度PCR,情况如下:
50——58℃ 每个样品温度间隔1℃ 图2:


59——63℃ 每个样品温度间隔大约1℃ 图3

还按照说明书尝试过两部法,98℃ 10s   68℃ 6min 效果如下:图4


还做过其他一些尝试,有P出来一点的,也有完全P不出来的,他们的共同特点就是点样孔都很亮。
我的模板是用试剂盒提的应该不会有蛋白残余;也把模板稀释过十倍再上样,可加样孔还是会发亮,而条代就完全没有了;也曾经尝试过只加酶不加引物,就什么东西也没有,发亮的东西应该也不是酶。
现在不知道该如何下手,恳请各位大虾支招,万分感谢!
PrimerStarHS酶反向PCR做质粒的定点突变,目的条带很淡,点样孔却很亮,求大虾支招。
图1.jpg
PrimerStarHS酶反向PCR做质粒的定点突变,目的条带很淡,点样孔却很亮,求大虾支招。-1
图2.jpg


PrimerStarHS酶反向PCR做质粒的定点突变,目的条带很淡,点样孔却很亮,求大虾支招。-2
图3.jpg


PrimerStarHS酶反向PCR做质粒的定点突变,目的条带很淡,点样孔却很亮,求大虾支招。-3
图4.jpg
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momo1943

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
1. kit ???? OD260/280? ?????~1.8  OD260/230?? ????????2.0~2.4
2. ????????plasmid loading ???, plasmid ????????, ????????PCR????,
    ~25ng????
3. plasmid 5.7kb (????lmarker ??10Kb??) , ??0.8%???z, ??????well???????
    genomic DNA~
2楼2015-07-24 21:13:45
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