| 查看: 2379 | 回复: 8 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
jianchuanliu金虫 (初入文坛)
|
[求助]
NVT时出现here is no domain decomposition for 30 nodes 已有1人参与
|
|
|
急！！ Gromacs！ NVT时出现here is no domain decomposition for 30 nodes that is compatible with the given box and a minimum cell size of 5.01333 nm 错误如何解决啊，我的gro和mdp文件在附件里。 做的是碳纳米管加乙醇甲醇仿真。 谢谢 大神的解答！  error.png |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : all.gro
- 附件 2 : nvt.mdp
2015-07-20 17:25:43, 437.44 K
2015-07-20 17:38:16, 1.72 K
» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有10人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有6人回复
-
为什么到现在没收到通知？
已经有3人回复
-
有没有仍没收到信息的
已经有5人回复
-
面上意见出来了
已经有10人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有9人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有7人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有10人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
angjzy
木虫 (小有名气)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 1745.2
- 散金: 1491
- 红花: 5
- 帖子: 251
- 在线: 172.3小时
- 虫号: 647898
- 注册: 2008-11-06
- 专业: 药物材料
5楼2015-07-21 18:48:44
angjzy
木虫 (小有名气)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 1745.2
- 散金: 1491
- 红花: 5
- 帖子: 251
- 在线: 172.3小时
- 虫号: 647898
- 注册: 2008-11-06
- 专业: 药物材料
2楼2015-07-21 00:14:38
jianchuanliu
金虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2036.2
- 散金: 10
- 帖子: 49
- 在线: 48.6小时
- 虫号: 2924195
- 注册: 2014-01-10
- 专业: 化学动力学
3楼2015-07-21 08:14:47
jianchuanliu
金虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2036.2
- 散金: 10
- 帖子: 49
- 在线: 48.6小时
- 虫号: 2924195
- 注册: 2014-01-10
- 专业: 化学动力学
|
log文件里你说的那行是 Initializing Domain Decomposition on 32 nodes Dynamic load balancing: no Will sort the charge groups at every domain (re)decomposition Initial maximum inter charge-group distances: two-body bonded interactions: 4.558 nm, LJ-14, atoms 742 1195 multi-body bonded interactions: 4.549 nm, Angle, atoms 742 1176 Minimum cell size due to bonded interactions: 5.013 nm Guess for relative PME load: 0.06 Will use 30 particle-particle and 2 PME only nodes This is a guess, check the performance at the end of the log file Using 2 separate PME nodes, as guessed by mdrun Optimizing the DD grid for 30 cells with a minimum initial size of 5.013 nm The maximum allowed number of cells is: X 0 Y 0 Z 1 ------------------------------------------------------- Program mdrun, VERSION 4.6.5 Source code file: /build/buildd/gromacs-4.6.5/src/mdlib/domdec.c, line: 6913 Fatal error: There is no domain decomposition for 30 nodes that is compatible with the given box and a minimum cell size of 5.01333 nm Change the number of nodes or mdrun option -rdd Look in the log file for details on the domain decomposition For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors ------------------------------------------------------- "What's Your Definition Of Dirty ?" (G. Michael) |
4楼2015-07-21 08:42:50
投票:
30