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jianchuanliu金虫 (初入文坛)
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NVT时出现here is no domain decomposition for 30 nodes 已有1人参与
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急！！ Gromacs！ NVT时出现here is no domain decomposition for 30 nodes that is compatible with the given box and a minimum cell size of 5.01333 nm 错误如何解决啊，我的gro和mdp文件在附件里。 做的是碳纳米管加乙醇甲醇仿真。 谢谢 大神的解答！  error.png |
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- 附件 2 : nvt.mdp
2015-07-20 17:25:43, 437.44 K
2015-07-20 17:38:16, 1.72 K
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5楼2015-07-21 18:48:44
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log文件里你说的那行是 Initializing Domain Decomposition on 32 nodes Dynamic load balancing: no Will sort the charge groups at every domain (re)decomposition Initial maximum inter charge-group distances: two-body bonded interactions: 4.558 nm, LJ-14, atoms 742 1195 multi-body bonded interactions: 4.549 nm, Angle, atoms 742 1176 Minimum cell size due to bonded interactions: 5.013 nm Guess for relative PME load: 0.06 Will use 30 particle-particle and 2 PME only nodes This is a guess, check the performance at the end of the log file Using 2 separate PME nodes, as guessed by mdrun Optimizing the DD grid for 30 cells with a minimum initial size of 5.013 nm The maximum allowed number of cells is: X 0 Y 0 Z 1 ------------------------------------------------------- Program mdrun, VERSION 4.6.5 Source code file: /build/buildd/gromacs-4.6.5/src/mdlib/domdec.c, line: 6913 Fatal error: There is no domain decomposition for 30 nodes that is compatible with the given box and a minimum cell size of 5.01333 nm Change the number of nodes or mdrun option -rdd Look in the log file for details on the domain decomposition For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors ------------------------------------------------------- "What's Your Definition Of Dirty ?" (G. Michael) |
4楼2015-07-21 08:42:50
