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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请教批量更改fasta序列名的方法？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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smiles2011

新虫 (小有名气)

[交流] 请教批量更改fasta序列名的方法？ 已有5人参与

在下正在做进化树，遇到了一个难题，故想请教各位大神，关于批量更改fasta序列名的方法？
如序列名：
>A/Hong Kong/CUHK52247/2000 | 2000-12-08  | HA | 161173 |
atgaagactatcattgctttgagctacattttatgtctggttttcgctcaaaaacttcccgtaaatgacaacagcacggc
a......
>A/Hong Kong/CUHK21932/2001 | 2001-04-27  | HA | 161055 |
atgaagactatcattgctttgagctacattttatgtctggttttcgctcaaaaacttccaggaaatgacaacagcactgc
aac....
删除名称的一部分我只想保留：
>A/Hong Kong/CUHK52247/2000
atgaagactatcattgctttgagctacattttatgtctggttttcgctcaaaaacttcccgtaaatgacaacagcacggc
a......
>A/Hong Kong/CUHK21932/2001
atgaagactatcattgctttgagctacattttatgtctggttttcgctcaaaaacttccaggaaatgacaacagcactgc
aac....
简而言之，就是fasta名称中的第一个“|”后的字符全部删除；
但是由于目前数据太多，一个一个来太慢了，就想请教大神们能不能批量修改了！先谢谢各位！！！
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1楼 2015-07-14 23:42:49
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我是鱼豆腐

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fastq文件是不是高通量测序公司给你的文件- -我记得可以直接用来分析的丫
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2楼2015-07-15 14:45:48
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flyy1986

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
写个脚本就可以了😁

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2015-07-15 18:26:47
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flyy1986

铜虫 (小有名气)
你可以试试excel分列功能，分割符号是｜

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2015-07-15 18:28:38
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
自己写一个吧，应该不难
读取文件，遇到第一个|，然后执行删除，判断是否遇到回车，如果不是就删除，是就结束，关闭并保存文件，读取下一个文件
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5楼2015-07-16 00:22:26
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qhuzhl

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
用正则表达式直接查找替换就可以了
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6楼2015-07-16 14:48:42
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zhjcao

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
拷进WORD，用查找-替换，
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7楼2015-07-16 15:59:18
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