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俊俊好可爱

金虫 (正式写手)

[求助] 关于一篇文献,有一些问题求各位大侠解答 已有2人参与

本人是菜鸟,还没入分子动力学模拟的门,最近看了一篇论文,有一些问题求解答。
(附件即为论文)
问题:
1、我自己构建反应物、生成物。一定要进行结构优化么?
2、文中的中间态、过渡态感觉都是自己设计的,还是计算出的?
3、对于反应式:A+B-->C+D,GVIEW寻找过渡态时A+B放在一起运算时为啥总是报错?#2070
最后,各位对这篇论文有没有什么见解,我想重复一下模拟过程,希望能交流一下,多谢
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  • 附件 1 : 煤中苯硫酚型有机硫与O_2反应机理.pdf
  • 2015-07-12 15:47:21, 1.34 M

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俊俊好可爱

金虫 (正式写手)

没人么
2楼2015-07-12 15:56:12
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liqx

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
1. 反应物、生成物结构需要优化。
2. 过渡态时计算出来的。
3楼2015-07-12 17:49:56
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
俊俊好可爱: 金币+15, ★★★很有帮助 2015-07-13 12:21:54
1、我自己构建反应物、生成物。一定要进行结构优化么?
需要进行结构优化。

2、文中的中间态、过渡态感觉都是自己设计的,还是计算出的?
你不知道过渡态的情况下是计算出的;
你也可以自己设计一个过渡态,然后放到计算中看你猜想的是否正确。

3、对于反应式:A+B-->C+D,GVIEW寻找过渡态时A+B放在一起运算时为啥总是报错?#2070
大部分错误都报2070,需要具体的出错原因才好分析。
可能是由于A,B 和C,D中的原子顺序没有一致,或者没有用qst2等等。
4楼2015-07-13 07:45:45
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