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【求助】autodock4.0的问题
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请教各位，我用autodock4.0做对接时，先选择蛋白分子原始的配体作为配体分子(我把原始的配体和我要对接的分子都作为ligand读入），用Box Opptions中的Center on ligand设定Grid Box的参数，然后再选择我所要对接的新的化合物作为配体分子与蛋白进行对接，但是进行RUN-autodock时出现如下错误： 189771 energies found for map 3 Minimum energy = -1.54, maximum energy = 371007.44 Time taken (s): Real= 0.23, CPU= 0.24, System= 0.00 Min= -1.544 Mean= 12122.081 Max= 371007.438 DPF> map 2OH4.N.map # atom-specific affinity map /usr/local/bin/autodock4: I'm sorry; I can't find or open "2OH4.N.map" ________________________________________________________________________________ /usr/local/bin/autodock4: I'm sorry; I can't find or open "2OH4.N.map" Real= 0.84, CPU= 0.80, System= 0.02 ________________________________________________________________________________ 请教各位是怎么回事呢？我用这种方法设定Grid Box的参数可以么？ [ Last edited by swordzj858 on 2008-8-2 at 10:41 ] |
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这样不可以，就是绝对不能从ligand菜单中读入原始分子（因为我认为autodock中的菜单是center on ligand，而非center on which ligand，所以多个ligand 读入的分子肯定会有一定的影响），你必须从File－＞read来读入。这样的话在设置盒子时你就不能用center on ligand，因为你想要的时以原始分子为中心，而实际上现在autodock根本不理会这个分子，他在存在只是你的一个坐标而已，你需要手动更改盒子的位置大约在原始本体周围。 [ Last edited by gwdavid on 2008-8-2 at 10:57 ] |
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