| 查看: 556 | 回复: 4 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
swordzj858至尊木虫 (著名写手)
|
[交流]
【求助】autodock4.0的问题
|
||
|
请教各位，我用autodock4.0做对接时，先选择蛋白分子原始的配体作为配体分子(我把原始的配体和我要对接的分子都作为ligand读入），用Box Opptions中的Center on ligand设定Grid Box的参数，然后再选择我所要对接的新的化合物作为配体分子与蛋白进行对接，但是进行RUN-autodock时出现如下错误： 189771 energies found for map 3 Minimum energy = -1.54, maximum energy = 371007.44 Time taken (s): Real= 0.23, CPU= 0.24, System= 0.00 Min= -1.544 Mean= 12122.081 Max= 371007.438 DPF> map 2OH4.N.map # atom-specific affinity map /usr/local/bin/autodock4: I'm sorry; I can't find or open "2OH4.N.map" ________________________________________________________________________________ /usr/local/bin/autodock4: I'm sorry; I can't find or open "2OH4.N.map" Real= 0.84, CPU= 0.80, System= 0.02 ________________________________________________________________________________ 请教各位是怎么回事呢？我用这种方法设定Grid Box的参数可以么？ [ Last edited by swordzj858 on 2008-8-2 at 10:41 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
【复旦大学】二维材料方向招收2026年博士研究生1名
已经有0人回复
-
北京纳米能源与系统研究所 王中林院士/曹南颖研究员课题组2026级硕/博/博后招生
已经有10人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有109人回复
-
荷兰Utrecht University超快太赫兹光谱王海教授课题招收2026 CSC博士生
已经有23人回复
-
反铁磁体中的磁性切换：两种不同的机制已成功可视化
已经有0人回复
-
求标准粉末衍射卡号 ICDD 01-076-1802
已经有0人回复
-
新西兰Robinson研究所招收全奖PhD
已经有0人回复
-
石墨烯转移--二氧化硅衬底石墨烯
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
gwdavid
木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 0.522
- 金币: 4097.7
- 散金: 1548
- 红花: 57
- 帖子: 1768
- 在线: 151.2小时
- 虫号: 514002
- 注册: 2008-02-28
- 性别: GG
- 专业: 生化分析及生物传感
★ ★ ★ ★ ★
swordzj858(金币+3,VIP+0):Thanks
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
swordzj858(金币+3,VIP+0):Thanks
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
|
这样不可以，就是绝对不能从ligand菜单中读入原始分子（因为我认为autodock中的菜单是center on ligand，而非center on which ligand，所以多个ligand 读入的分子肯定会有一定的影响），你必须从File－＞read来读入。这样的话在设置盒子时你就不能用center on ligand，因为你想要的时以原始分子为中心，而实际上现在autodock根本不理会这个分子，他在存在只是你的一个坐标而已，你需要手动更改盒子的位置大约在原始本体周围。 [ Last edited by gwdavid on 2008-8-2 at 10:57 ] |
2楼2008-08-02 10:55:22
swordzj858
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 17716.7
- 散金: 3626
- 红花: 6
- 帖子: 2107
- 在线: 766.6小时
- 虫号: 477105
- 注册: 2007-12-13
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
3楼2008-08-02 11:29:00
gwdavid
木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 0.522
- 金币: 4097.7
- 散金: 1548
- 红花: 57
- 帖子: 1768
- 在线: 151.2小时
- 虫号: 514002
- 注册: 2008-02-28
- 性别: GG
- 专业: 生化分析及生物传感
4楼2008-08-02 11:36:40
gwdavid
木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 0.522
- 金币: 4097.7
- 散金: 1548
- 红花: 57
- 帖子: 1768
- 在线: 151.2小时
- 虫号: 514002
- 注册: 2008-02-28
- 性别: GG
- 专业: 生化分析及生物传感
5楼2008-08-02 11:37:40