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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 若两同源基因仅有一个碱基不同，有相关的分子标记技术将其区分开么？
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hgschen

新虫 (初入文坛)

[求助] 若两同源基因仅有一个碱基不同，有相关的分子标记技术将其区分开么？ 已有3人参与

水稻两系不育系和恢复系中一段关键基因，仅其中一个碱基突变，在该位点形成终止密码子而不能表达，构成不育性状。现师兄想让我通过设计分子标记来区分不育系和恢复系，请问有可能么？应该怎么做？
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1楼 2015-07-06 10:57:28
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hgschen

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2015-07-06 17:00:06
可以做，如果单碱基变化产生了酶切位点变化，可以用“PCR+酶切”方法区分。
如果单碱基变化没有产生酶切位点变化，可以使用dCAPS Finder2设计引物，人为的使PCR产物中带酶切位点，然后扩出序列后也是做酶切。

师兄也是叫我查和CAPS标记相关的一些文献找找办法，我查到的一篇是用DNAMAN 4.0查找有无限制性酶切位点，但我这个是已知哪个单碱基变化，这样逆向来找限制酶感觉太碰运气了。请问大牛能否具体解释一下后一种做法如何操作？我是新手，第一次接触分子标记……
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6楼2015-07-06 23:33:49
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-07-12 23:17:42
DNA水平和RNA水平貌似都有些难度，我觉得还是在蛋白水平检测吧，用那个终止密码子后面的蛋白区段做抗体，做western检测。
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2楼2015-07-06 11:38:39
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-07-12 23:17:27
可以做，如果单碱基变化产生了酶切位点变化，可以用“PCR+酶切”方法区分。
如果单碱基变化没有产生酶切位点变化，可以使用dCAPS Finder2设计引物，人为的使PCR产物中带酶切位点，然后扩出序列后也是做酶切。
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3楼2015-07-06 17:00:06
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
hgschen(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-07-14 22:47:07
你这个就相当于SNP标记，能检测SNP标记的方法都能用。SSCP标记技术也可以。
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4楼2015-07-06 17:03:47
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