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gwdavid木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
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[交流]
［求助］急切求助老汉yalefield同志！
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老汉同志！ 小弟在小木虫混不足半年，可是已深知阁下资历颇深，学识渊博。之所以点名请教您，是因为我之前不只一次的发过此问题的贴，可是均无人解答，这是一个关于autodock的问题，我并非懒惰，我也翻遍了autodock的官方网站和他的FAQ系统maillist，可是均未找到满意的确切答案，这个问题困扰了我好长时间了，本人努钝，望能不吝指教！ 其实问题很简单，可是这个不解决就涉及到一串的问题不能做，是这样子的： 我用autodock做包含一个ZN原子的蛋白质，ADT无法为zn赋电荷等参数，存出来的pdbqt文件中zn的电荷怎么都是0 1。我不明白为什么，在AD4_parameters.dat里边分明有zn Fe Mg等种类金属原子的参数，而ADT或是prepare_recepter4.py均无法为其赋参数？ 2。我手动更改pdbqt文件的zn电荷为2.0，这样可以，也可以做对接（我拿ACE与依那普利做实验），可是结果与实际相去甚远，看对接结果应该与zn的电荷太高与羧基吸引力太强导致。看到其它人都更改zinc radius: 0.87 A; well depth（epsi）: 0.35kcal/mol; and zinc charges: +0.95 e，可是第二项是什么意思呢？ 3。卡托普利是巯基类的ACEI，可是由于这个配体分子是-SH，而不是一个S离子，所以在对接时autodock竟然根本不认为他与zn有作用！！这个该如何呢？ 万请您能指教一二！感激不尽！！ |
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yalefield
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博士论文
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csfn(金币+4,VIP+0):3Q
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阳离子—π相互作用的理论研究及基于钾离子通道结构的药物设计 作者：谭小健 导师：陈凯先 单位：中国科学院上海药物研究所 摘要 论文对生物体内的阳离子—π相互作用开展了如下研究工作. (1).进一步研究了金属离子,特别是碱土金属离子与芳环体系的相互作用.分子轨道相互作用分析表明,金属离子与芳环的作用是通过s-π和p-π作用远远强于碱金属离子. (2).通过研究镁离子与不同取代苯之间的相互作用, 发现供电子基团的推电子效应,有助于增强阳离子—π相互作用,而吸电子基团导致π电子的减少,静电相互作用减弱,导致总的结合能降低. (3).运用高精度的计算方法,G2、G3和CBS-Q验证了锂离子和钾离子与苯作用的结合焓,预测了碱土金属铍、镁和钙的离子与苯的结合能,并推测钠离子—苯复合物的结合焓尚有待更为精确的实验测定. 论文围绕钾通道主要开展了两方面的研究. (1).用量子化学计算方法研究了季铵离子(TEA)抑制钾通道的作用机理. (2).采用了分子对接方法,根据钾通道的晶体结构搜寻了MDL/ACD和CNPD数据库,从中筛选出结合能较高、类药性好的化合物. |
8楼2008-08-01 21:08:22
tjegg
铁杆木虫 (著名写手)
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4楼2008-08-01 18:42:36
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