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gwdavid木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
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[交流]
［求助］急切求助老汉yalefield同志！
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老汉同志！ 小弟在小木虫混不足半年，可是已深知阁下资历颇深，学识渊博。之所以点名请教您，是因为我之前不只一次的发过此问题的贴，可是均无人解答，这是一个关于autodock的问题，我并非懒惰，我也翻遍了autodock的官方网站和他的FAQ系统maillist，可是均未找到满意的确切答案，这个问题困扰了我好长时间了，本人努钝，望能不吝指教！ 其实问题很简单，可是这个不解决就涉及到一串的问题不能做，是这样子的： 我用autodock做包含一个ZN原子的蛋白质，ADT无法为zn赋电荷等参数，存出来的pdbqt文件中zn的电荷怎么都是0 1。我不明白为什么，在AD4_parameters.dat里边分明有zn Fe Mg等种类金属原子的参数，而ADT或是prepare_recepter4.py均无法为其赋参数？ 2。我手动更改pdbqt文件的zn电荷为2.0，这样可以，也可以做对接（我拿ACE与依那普利做实验），可是结果与实际相去甚远，看对接结果应该与zn的电荷太高与羧基吸引力太强导致。看到其它人都更改zinc radius: 0.87 A; well depth（epsi）: 0.35kcal/mol; and zinc charges: +0.95 e，可是第二项是什么意思呢？ 3。卡托普利是巯基类的ACEI，可是由于这个配体分子是-SH，而不是一个S离子，所以在对接时autodock竟然根本不认为他与zn有作用！！这个该如何呢？ 万请您能指教一二！感激不尽！！ |
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3楼2008-08-01 18:41:24
tjegg
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木虫 (著名写手)
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5楼2008-08-01 18:54:16
