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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] [求助]急切求助老汉yalefield同志!


老汉同志!
     小弟在小木虫混不足半年,可是已深知阁下资历颇深,学识渊博。之所以点名请教您,是因为我之前不只一次的发过此问题的贴,可是均无人解答,这是一个关于autodock的问题,我并非懒惰,我也翻遍了autodock的官方网站和他的FAQ系统maillist,可是均未找到满意的确切答案,这个问题困扰了我好长时间了,本人努钝,望能不吝指教!



其实问题很简单,可是这个不解决就涉及到一串的问题不能做,是这样子的:

我用autodock做包含一个ZN原子的蛋白质,ADT无法为zn赋电荷等参数,存出来的pdbqt文件中zn的电荷怎么都是0
1。我不明白为什么,在AD4_parameters.dat里边分明有zn Fe Mg等种类金属原子的参数,而ADT或是prepare_recepter4.py均无法为其赋参数?

2。我手动更改pdbqt文件的zn电荷为2.0,这样可以,也可以做对接(我拿ACE与依那普利做实验),可是结果与实际相去甚远,看对接结果应该与zn的电荷太高与羧基吸引力太强导致。看到其它人都更改zinc radius: 0.87 A; well depth(epsi): 0.35kcal/mol; and zinc charges: +0.95 e,可是第二项是什么意思呢?

3。卡托普利是巯基类的ACEI,可是由于这个配体分子是-SH,而不是一个S离子,所以在对接时autodock竟然根本不认为他与zn有作用!!这个该如何呢?



万请您能指教一二!感激不尽!!
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xxffliu

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★
csfn(金币+3,VIP+0):3Q
ADT用gasteiger方法算电荷,而这种方法是没有办法计算金属原子的局部电荷的。一般赋normal charge,也就是+2,当然,这样会引入很强的静电作用。epsi是锌离子范德华势井的深度。至于第三个问题,硫阴离子的电荷和半径都很特殊,ADT的原子类型定义的还不够完全,所以这些参数还是要自己查文献手动修改。
很抱歉我还没有做过这样的体系,所以只能说说自己的看法,没有办法给出解答,还是请高人来解答。
3楼2008-08-01 18:41:24
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

恩,问题很专业,我帮你顶,学习学习。。。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
2楼2008-08-01 18:27:46
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xxffliu

铜虫 (小有名气)

我的建议是如果条件允许,换一种商业对接软件试试,另外看看文献上做ACE模拟都是用的什么样的方法来处理。
4楼2008-08-01 18:42:36
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

引用回帖:
Originally posted by xxffliu at 2008-8-1 18:41:
ADT用gasteiger方法算电荷,而这种方法是没有办法计算金属原子的局部电荷的。一般赋normal charge,也就是+2,当然,这样会引入很强的静电作用。epsi是锌离子范德华势井的深度。至于第三个问题,硫阴离子的电荷和 ...

非常感谢您的解答!
我想进一步问一下范德华势井的深度是表示什么的?
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
5楼2008-08-01 18:54:16
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