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gwdavid木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
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[交流]
［求助］急切求助老汉yalefield同志！
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老汉同志！ 小弟在小木虫混不足半年，可是已深知阁下资历颇深，学识渊博。之所以点名请教您，是因为我之前不只一次的发过此问题的贴，可是均无人解答，这是一个关于autodock的问题，我并非懒惰，我也翻遍了autodock的官方网站和他的FAQ系统maillist，可是均未找到满意的确切答案，这个问题困扰了我好长时间了，本人努钝，望能不吝指教！ 其实问题很简单，可是这个不解决就涉及到一串的问题不能做，是这样子的： 我用autodock做包含一个ZN原子的蛋白质，ADT无法为zn赋电荷等参数，存出来的pdbqt文件中zn的电荷怎么都是0 1。我不明白为什么，在AD4_parameters.dat里边分明有zn Fe Mg等种类金属原子的参数，而ADT或是prepare_recepter4.py均无法为其赋参数？ 2。我手动更改pdbqt文件的zn电荷为2.0，这样可以，也可以做对接（我拿ACE与依那普利做实验），可是结果与实际相去甚远，看对接结果应该与zn的电荷太高与羧基吸引力太强导致。看到其它人都更改zinc radius: 0.87 A; well depth（epsi）: 0.35kcal/mol; and zinc charges: +0.95 e，可是第二项是什么意思呢？ 3。卡托普利是巯基类的ACEI，可是由于这个配体分子是-SH，而不是一个S离子，所以在对接时autodock竟然根本不认为他与zn有作用！！这个该如何呢？ 万请您能指教一二！感激不尽！！ |
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yalefield
金虫 (文坛精英)
老汉一枚
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不知道国内是怎么研究的
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csfn(金币+4,VIP+0):3Q
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硕士毕业论文 基质金属蛋白酶及其抑制剂的分子对接研究（Molecular Docking Study of MMPs and MMP Inhibitors） 作者：洪渊; 导师：裴瑾;房学迅; 吉林大学 2007 关键字： 基质金属蛋白酶 基质金属蛋白酶抑制剂 分子对接 分子动力学模拟 中文摘要 基质金属蛋白酶(Matrix Metalloproteinases, MMPs)是由细胞分泌的Zn2+依赖的金属内肽酶的总称，在其催化结构域中有一段十分保守的氨基酸序列HEXGHXXGXXH，其中的三个组氨酸被认为可与酶活性中心部位 Zn2+结合形成配位键，对酶的催化活性起重要作用。 MMPs不仅能切割细胞外基质(Extracellular Matrix, ECM)组分，而且能降解其它的蛋白酶,并参与细胞因子、生长因子、激素和细胞粘附分子受体等的合成和分泌的调控，从而在一系列生理病理过程中发挥重要作用。而MMPs在肿瘤的生长、浸润、转移、血管新生和细胞凋亡中的关键作用已被确立，以MMPs为靶点的治疗策略也迅速发展起来，因此MMP抑制剂(MMP Inhibitors, MMPIs)也成为抗肿瘤药物研究中的热点之一。 本论文通过对MMPs的三维空间结构解析,使用AutoDock和GROMACS等软件,运用分子对接方法和分子动力学方法对MMPs与焦性没食子酸相互作用方式进行了探讨。发现在整合过程中焦性没食子酸与MMPs的催化Zn2+离子之间没有相互作用... |
7楼2008-08-01 21:05:55
tjegg
铁杆木虫 (著名写手)
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2楼2008-08-01 18:27:46
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