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gwdavid木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
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[交流]
［求助］急切求助老汉yalefield同志！
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老汉同志！ 小弟在小木虫混不足半年，可是已深知阁下资历颇深，学识渊博。之所以点名请教您，是因为我之前不只一次的发过此问题的贴，可是均无人解答，这是一个关于autodock的问题，我并非懒惰，我也翻遍了autodock的官方网站和他的FAQ系统maillist，可是均未找到满意的确切答案，这个问题困扰了我好长时间了，本人努钝，望能不吝指教！ 其实问题很简单，可是这个不解决就涉及到一串的问题不能做，是这样子的： 我用autodock做包含一个ZN原子的蛋白质，ADT无法为zn赋电荷等参数，存出来的pdbqt文件中zn的电荷怎么都是0 1。我不明白为什么，在AD4_parameters.dat里边分明有zn Fe Mg等种类金属原子的参数，而ADT或是prepare_recepter4.py均无法为其赋参数？ 2。我手动更改pdbqt文件的zn电荷为2.0，这样可以，也可以做对接（我拿ACE与依那普利做实验），可是结果与实际相去甚远，看对接结果应该与zn的电荷太高与羧基吸引力太强导致。看到其它人都更改zinc radius: 0.87 A; well depth（epsi）: 0.35kcal/mol; and zinc charges: +0.95 e，可是第二项是什么意思呢？ 3。卡托普利是巯基类的ACEI，可是由于这个配体分子是-SH，而不是一个S离子，所以在对接时autodock竟然根本不认为他与zn有作用！！这个该如何呢？ 万请您能指教一二！感激不尽！！ |
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yalefield
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老汉一枚
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先说金属离子
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csfn(金币+10,VIP+0):3Q
csfn(金币+10,VIP+0):3Q
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金属元素原子上的电荷，的确是个大问题。 这个需要比较系统的研究，而不能敷衍了事。 因为它导致的相互作用很强，它稍微变变，对接评估就完全变样了。 推荐一篇文献吧。 PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics 67:593–605 (2007) Accounting for Ligand-Bound Metal Ions in Docking Small Molecules on Adenylyl Cyclase Toxins Deliang Chen, Gerd Menche, Trevor D. Power, Laurie Sower, Johnny W. Peterson, and Catherine H. Schein 作者建议用+0.8 下面是作者的意见 Importance of the partial charge on the metal ion We used the 1K90 crystal structure of EF to determine the optimum charge setting for the Mg2+ ion (which was substituted for Yb3+ in the experimental structure) in the active site when using AutoDock. Since the energy function depends heavily on the electrostatic term, the partial charge assigned to the magnesium ion should be of major importance for the calculated binding energy. The nominal charge of +2 will be diminished by partial bonding to the adjacent groups. Therefore it appeared reasonable to use charges with values of +2 and lower. Dockings of the same group of test compounds (selected from ZINC or synthesized in house) were performed with three different partial charges: 0, +1 and +2. The results are displayed in below. Surprisingly, there is little relative difference between the energies computed with 0 and +1 charges (Top). The correlation is a bit weaker when comparing results of the +1 and +2 calculations (bottom), with the major outlier a compound with two carboxyl groups. While the relative values do not change much, absolute docking energies decrease with increasing charge on the metal ion. We concluded from this data that the metal ion charge was important, especially with charged ligands, and tried additional settings between +0.8 and +1.25. As noted in the text, a setting of +1.25 was too high, as judged from very short Mg-O bond distances, so a charge of +0.8 on the metal was used in this project. 论文的全文在第二个附件里 [ Last edited by yalefield on 2008-8-1 at 20:45 ] |
6楼2008-08-01 20:43:17
tjegg
铁杆木虫 (著名写手)
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