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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 用天河计算任务总是被终止，一步都没走完，拜托大家啦
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monkeylove

木虫 (正式写手)

[求助] 用天河计算任务总是被终止，一步都没走完，拜托大家啦 已有2人参与

yhrun: got SIGCONT
forrtl: Input/output error
forrtl: severe (38): error during write, unit 20, file /vol6/home/xgli/wu_dan/CoO2-24-24-72/HSU/vasprun.xml
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp5.2.11         0000000000C1B94D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         0000000000C1A455  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         0000000000BAF2D9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         0000000000B5F0DF  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         0000000000B5E912  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         0000000000BA46AB  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         0000000000BA17C7  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         0000000000459DC7  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         00000000004771B7  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         00000000008EBE06  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         00000000004354C5  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         000000000041466C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00000039C9A1ECDD  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         0000000000414579  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (28): CLOSE error, unit 20, file "Unknown"
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp5.2.11         0000000000C1B94D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         0000000000C1A455  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         0000000000BAF2D9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         0000000000B5F0DF  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         0000000000B6180F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         0000000000B5F076  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         0000000000B5E912  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         0000000000BA46AB  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         0000000000BA17C7  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         0000000000459DC7  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         00000000004771B7  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         00000000008EBE06  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         00000000004354C5  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         000000000041466C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00000039C9A1ECDD  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2.11         0000000000414579  Unknown               Unknown  Unknown
yhrun: error: cn3702: task 0: Exited with exit code 28
yhrun: First task exited 60s ago
yhrun: task 1: running
yhrun: task 0: exited abnormally
yhrun: Terminating job step 2299726.0
slurmd[cn3702]: *** STEP 2299726.0 KILLED AT 2015-06-29T14:19:08 WITH SIGNAL 9 ***
yhrun: Job step aborted: Waiting up to 2 seconds for job step to finish.
slurmd[cn3702]: *** STEP 2299726.0 KILLED AT 2015-06-29T14:19:08 WITH SIGNAL 9 ***
yhrun: error: cn3702: task 1: Killed
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1楼 2015-07-01 15:34:06
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monkeylove

木虫 (正式写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by jx在路上 at 2016-11-23 19:20:02
你好，我也出现了同样的问题。请问，我也出现yhrun: got SIGCONT，但是任务状态是R,表示在跑。这还会出数据吗，我的任务很大，出数据比较慢，我也不能判断到底会不会出数据...

这个你要看你输出数据的文件，如果有数据就说明没问题，没有的话就要把它取消了，重新再提交。
赞一下 回复此楼
20楼2016-11-23 19:47:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 26 个回答

monkeylove

木虫 (正式写手)
改参数降低精度也不行，
赞一下 回复此楼
2楼2015-07-01 15:35:19
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1134684571

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可能内存溢出的原因（1）降低ENCUT，减小kpoints点数。精度可不用降低。（2）利用多个结点计算（3）修改限制内存大小（用unlimit  -m  unlimited).
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2015-07-01 16:03:57
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monkeylove

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 1134684571 at 2015-07-01 16:03:57
可能内存溢出的原因（1）降低ENCUT，减小kpoints点数。精度可不用降低。（2）利用多个结点计算（3）修改限制内存大小（用unlimit  -m  unlimited).

k点已经是1 1 1,  ENCUT为400eV，利用多个节点算也是出现错误，
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4楼2015-07-01 16:59:40
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