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monkeylove

木虫 (正式写手)

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[求助] 用天河计算任务总是被终止，一步都没走完，拜托大家啦已有2人参与

yhrun: got SIGCONT
forrtl: Input/output error
forrtl: severe (38): error during write, unit 20, file /vol6/home/xgli/wu_dan/CoO2-24-24-72/HSU/vasprun.xml
Image             PC             Routine          Line       Source
vasp5.2.11       0000000000C1B94D  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       0000000000C1A455  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       0000000000BAF2D9  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       0000000000B5F0DF  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       0000000000B5E912  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       0000000000BA46AB  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       0000000000BA17C7  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       0000000000459DC7  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       00000000004771B7  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       00000000008EBE06  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       00000000004354C5  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       000000000041466C  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       00000039C9A1ECDD  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       0000000000414579  Unknown             Unknown  Unknown
forrtl: severe (28): CLOSE error, unit 20, file "Unknown"
Image             PC             Routine          Line       Source
vasp5.2.11       0000000000C1B94D  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       0000000000C1A455  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       0000000000BAF2D9  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       0000000000B5F0DF  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       0000000000B6180F  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       0000000000B5F076  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       0000000000B5E912  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       0000000000BA46AB  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       0000000000BA17C7  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       0000000000459DC7  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       00000000004771B7  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       00000000008EBE06  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       00000000004354C5  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       000000000041466C  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       00000039C9A1ECDD  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       0000000000414579  Unknown             Unknown  Unknown
yhrun: error: cn3702: task 0: Exited with exit code 28
yhrun: First task exited 60s ago
yhrun: task 1: running
yhrun: task 0: exited abnormally
yhrun: Terminating job step 2299726.0
slurmd[cn3702]: *** STEP 2299726.0 KILLED AT 2015-06-29T14:19:08 WITH SIGNAL 9 ***
yhrun: Job step aborted: Waiting up to 2 seconds for job step to finish.
slurmd[cn3702]: *** STEP 2299726.0 KILLED AT 2015-06-29T14:19:08 WITH SIGNAL 9 ***
yhrun: error: cn3702: task 1: Killed

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1楼 2015-07-01 15:34:06

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

可能内存溢出的原因（1）降低ENCUT，减小kpoints点数。精度可不用降低。（2）利用多个结点计算（3）修改限制内存大小（用unlimit -m unlimited).

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3楼2015-07-01 16:03:57

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改参数降低精度也不行，

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2楼2015-07-01 15:35:19

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引用回帖:

3楼: Originally posted by 1134684571 at 2015-07-01 16:03:57
可能内存溢出的原因（1）降低ENCUT，减小kpoints点数。精度可不用降低。（2）利用多个结点计算（3）修改限制内存大小（用unlimit -m unlimited).

k点已经是1 1 1, ENCUT为400eV，利用多个节点算也是出现错误，

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4楼2015-07-01 16:59:40

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引用回帖:

修改限制内存是什么意思，我是VASP新手

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5楼2015-07-01 17:00:21

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【答案】应助回帖

这个好像又不是内存问题，你随便一个简单的体系可以计算吗？(forrtl: Input/output error——>vasprun.xml).你把反馈的信息都贴出来看一下

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6楼2015-07-01 17:11:56

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引用回帖:

6楼: Originally posted by 1134684571 at 2015-07-01 17:11:56
这个好像又不是内存问题，你随便一个简单的体系可以计算吗？(forrtl: Input/output error——>vasprun.xml).你把反馈的信息都贴出来看一下

其他的还可以提交并且还在算，
running on 2 nodes
distr:  one band on 1 nodes, 2 groups
vasp.5.2.11 18Jan11 complex
POSCAR found :  3 types and    120 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(       16 )
WAVECAR not read
WARNING: chargedensity file is incomplete
entering main loop
   N    E                   dE          d eps    ncg    rms       rms(c)
DAV: 1    0.143340215392E+05 0.14334E+05 -0.29558E+05  2424 0.165E+03
DAV: 2    0.511780982017E+04 -0.92162E+04 -0.80515E+04  2384 0.468E+02
DAV: 3    0.101569431954E+04 -0.41021E+04 -0.37731E+04  2892 0.291E+02
DAV: 4 -0.592584747760E+03 -0.16083E+04 -0.14976E+04  3224 0.162E+02
DAV: 5 -0.101431793584E+04 -0.42173E+03 -0.40456E+03  4240 0.928E+01 0.119E+02
DAV: 6 -0.104277217454E+04 -0.28454E+02 -0.64317E+03  3524 0.217E+02 0.217E+02
DAV: 7 -0.797724235187E+03 0.24505E+03 -0.23335E+03  3696 0.209E+02 0.876E+01
DAV: 8 -0.862361000173E+03 -0.64637E+02 -0.71474E+02  3848 0.101E+02 0.864E+01
DAV: 9 -0.839216180568E+03 0.23145E+02 -0.31876E+02  3480 0.786E+01 0.782E+01
DAV:  10 -0.832307574059E+03 0.69086E+01 -0.14254E+02  3784 0.409E+01 0.423E+01
DAV:  11 -0.833738021831E+03 -0.14304E+01 -0.52627E+01  3752 0.242E+01 0.333E+01
DAV:  12 -0.832684684312E+03 0.10533E+01 -0.34530E+01  4220 0.178E+01 0.239E+01
DAV:  13 -0.832000458923E+03 0.68423E+00 -0.12736E+01  3488 0.168E+01 0.194E+01
DAV:  14 -0.831369697474E+03 0.63076E+00 -0.17110E+01  3848 0.156E+01 0.175E+01
DAV:  15 -0.830978272484E+03 0.39142E+00 -0.13084E+01  3272 0.168E+01 0.179E+01
DAV:  16 -0.831064276318E+03 -0.86004E-01 -0.80022E+00  3344 0.133E+01 0.139E+01
DAV:  17 -0.831212531476E+03 -0.14826E+00 -0.33868E+00  3152 0.942E+00 0.115E+01
DAV:  18 -0.831444572343E+03 -0.23204E+00 -0.25391E+00  3216 0.780E+00 0.939E+00
DAV:  19 -0.831767279697E+03 -0.32271E+00 -0.20303E+00  3672 0.620E+00 0.775E+00
DAV:  20 -0.831921520281E+03 -0.15424E+00 -0.19498E+00  3496 0.477E+00 0.646E+00
DAV:  21 -0.832091104375E+03 -0.16958E+00 -0.11691E+00  3120 0.538E+00 0.610E+00
DAV:  22 -0.832040904931E+03 0.50199E-01 -0.83552E-01  3336 0.552E+00 0.419E+00
DAV:  23 -0.832084775670E+03 -0.43871E-01 -0.10401E+00  3528 0.465E+00 0.279E+00
DAV:  24 -0.832218369287E+03 -0.13359E+00 -0.71492E-01  3112 0.345E+00 0.625E+00
DAV:  25 -0.832639502427E+03 -0.42113E+00 -0.74930E-01  3976 0.210E+00 0.884E+00
DAV:  26 -0.832921849088E+03 -0.28235E+00 -0.23166E-01  3128 0.245E+00 0.109E+01
DAV:  27 -0.833031609734E+03 -0.10976E+00 -0.26372E-01  3992 0.143E+00 0.118E+01
DAV:  28 -0.833143397988E+03 -0.11179E+00 -0.71286E-02  3696 0.123E+00 0.127E+01
DAV:  29 -0.832997995953E+03 0.14540E+00 -0.62149E-02  3080 0.158E+00 0.120E+01
DAV:  30 -0.832751448777E+03 0.24655E+00 -0.79514E-02  3264 0.256E+00 0.104E+01
DAV:  31 -0.832319666964E+03 0.43178E+00 -0.32225E-01  3256 0.485E+00 0.721E+00
DAV:  32 -0.832238064365E+03 0.81603E-01 -0.81810E-01  3920 0.312E+00 0.502E+00
DAV:  33 -0.832310433577E+03 -0.72369E-01 -0.32402E-01  3488 0.139E+00 0.549E+00
DAV:  34 -0.832502118015E+03 -0.19168E+00 -0.43741E-01  3288 0.141E+00 0.802E+00
DAV:  35 -0.832663953030E+03 -0.16184E+00 -0.76900E-02  3808 0.799E-01 0.858E+00
DAV:  36 -0.832678193911E+03 -0.14241E-01 -0.32357E-02  3696 0.429E-01 0.860E+00
DAV:  37 -0.832665634208E+03 0.12560E-01 -0.14645E-02  3168 0.241E-01 0.855E+00
DAV:  38 -0.832655751836E+03 0.98824E-02 -0.41532E-03  3872 0.146E-01 0.850E+00
DAV:  39 -0.832595199911E+03 0.60552E-01 -0.97145E-03  3336 0.749E-01 0.832E+00
DAV:  40 -0.832515709376E+03 0.79491E-01 -0.40461E-02  3616 0.103E+00 0.826E+00
yhrun: got SIGCONT
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forrtl: severe (38): error during write, unit 20, file /vol6/home/xgli/wu_dan/CoO2-24-24-72/HSU/vasprun.xml
Image             PC             Routine          Line       Source
vasp5.2.11       0000000000C1B94D  Unknown             Unknown  Unknown
vasp5.2.11       0000000000C1A455  Unknown             Unknown  Unknown

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7楼2015-07-01 17:53:24

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引用回帖:

7楼: Originally posted by monkeylove at 2015-07-01 17:53:24
其他的还可以提交并且还在算，
running on 2 nodes
distr:  one band on 1 nodes, 2 groups
vasp.5.2.11 18Jan11 complex
POSCAR found :  3 types and    120 ions
LDA part: xc-table for  ...

总感觉你的INCAR设置有问题，可以贴出来看看。WAVECAR not read，WARNING: chargedensity file is incomplete（这项虽然有问题，但可以正常运行）。running on 2 nodes distr: one band on 1 nodes, 2 groups。一个node，多少核？

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8楼2015-07-01 20:18:34

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引用回帖:

8楼: Originally posted by 1134684571 at 2015-07-01 20:18:34
总感觉你的INCAR设置有问题，可以贴出来看看。WAVECAR not read，WARNING: chargedensity file is incomplete（这项虽然有问题，但可以正常运行）。running on 2 nodes distr: one band on 1 nodes, 2 g ...

PREC=Normal
ENCUT=400
ISMEAR=0
SIGMA=0.05
#ALGO=Fast
IBRION=2
NSW=120
NELM=200
EDIFF=1E-5
EDIFFG=-0.05
LWAVE=.False.
ISPIN=2
LREAL=Auto
ISYM=0
IDIPOL=3
ICHARG=1
MAGMOM= 24*0 24*4 72*0
NUPDOWN= 96
LDAU=.True.
LDAUTYPE=2
LDAUL=-1 2 -1
LDAUU=0 3.4 0
LDAUJ=0 0 0

一个节点两个核，换成两个节点也还是有问题

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9楼2015-07-01 20:25:20

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