| 查看: 508 | 回复: 4 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
swordzj858至尊木虫 (著名写手)
|
[交流]
【求助】autodock4.0的计算结果问题
|
||
|
请教各位，我用autodock4.0做对接得到的结果打开后发现配体分子和受体分子根本不在一起，距离好远，请问这是什么原因呢？我在做对接时主要有以下几点不太确定：（1）Ligand-Torsion Tree-Set Number of Torsions moving中原子数目的确定，是选fewest atoms还是most atoms，具体如何确定？ （2）受体分子中柔性氨基酸残基选择的原则是什么？ （3）Geid box中的参数如何确定？具体是一：nuber of poits; 二：Center Grid Box;三：Center及View菜单中如何选择？ 请各位高手不吝赐教，非常感激。 |
回复此楼» 猜你喜欢
重庆交大26年硕士生招生拟调剂通知已出！欢迎加入光子学微结构与器件课题组。
已经有0人回复
-
UJN物理学专业调剂
已经有12人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有141人回复
-
北京纳米能源与系统研究所王中林院士/曹南颖研究员课题组招收2026硕士研究生1名
已经有0人回复
-
山西大同大学物理学硕士研究生招收调剂生
已经有0人回复
-
[调剂信息]211智能人工感知方向国家青年特聘专家课题组招收调剂研究生
已经有0人回复
-
［调剂信息］211智能人工感知方向国家青年特聘专家课题组招收调剂研究生
已经有0人回复
-
[调剂信息]211智能人工感知方向国家青年特聘专家课题组招收调剂研究生
已经有0人回复
-
一志愿物理所凝聚态物理352求调剂
已经有0人回复
-
0702一志愿吉大B区求调剂 本科期间发表一篇Sci
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
★ ★ ★ ★ ★ ★
swordzj858(金币+4,VIP+0):Thanks
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
swordzj858(金币+4,VIP+0):Thanks
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
|
对接后不在一起可能是你的grid的center不在蛋白上，请在准备grid的过程中确认这一点；另外你看看后面的几个pose是否也是距离蛋白很远，因为读入的第0个构象是初始构象，如果不是原有结合的配体的话，是有可能距离蛋白很远的。 第一个问题我不太清楚，第二个选择柔性残基的原则主要是根据文献，如果文献没有提及，你可以试着把口袋周围的残基全部选择为柔性，但是计算量会大大增加，而且结果不一定好。最好是能够根据实验或者文献选择。 第三个问题，grid的点的数目越多，对于能量计算的结果越精确，但是相应的，计算量越大；Center Grid Box是要求输入你的grid box的中心坐标值，一般选择口袋中心或者已有结合配体的中心。具体可以在Center菜单中设定，pick an atom是已选择的原子位置作为中心，以下分别是选择配体中心，受体蛋白中心以及已知名称的原子位置作为盒子中心。建议是如果你有结合的配体的文件，读入然后选择这个配体的中心；没有结合配体的话，选择口袋的某个残基的原子也可以。 |
2楼2008-07-31 20:59:21
swordzj858
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 17716.7
- 散金: 3626
- 红花: 6
- 帖子: 2107
- 在线: 766.6小时
- 虫号: 477105
- 注册: 2007-12-13
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
3楼2008-08-01 08:49:19
★ ★ ★ ★
swordzj858(金币+2,VIP+0):Thanks
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
swordzj858(金币+2,VIP+0):Thanks
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
|
你可以把原来的配体单独提取出来保存，并且也读入进来，这样选择的时候只要选择center on ligand，然后选择这个原来的配体就行，选择之后x,y,z会自动变为配体的中心值。 口袋中心并不是受体中心，如果你知道口袋的大致位置的话，可以选择center on picked atom，然后选择口袋附近的某个残基的某个原子（最好是离口袋近的），选择之后x,y,z会自动变为这个选择的原子的位置。 number of points默认为40，改变该值的时候图形界面上的box区域会有改变，设定值至少要保证box完全包括整个口袋。 |
4楼2008-08-01 18:12:10
gwdavid
木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 0.522
- 金币: 4097.7
- 散金: 1548
- 红花: 57
- 帖子: 1768
- 在线: 151.2小时
- 虫号: 514002
- 注册: 2008-02-28
- 性别: GG
- 专业: 生化分析及生物传感
★ ★
swordzj858(金币+1,VIP+0):Thanks
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
swordzj858(金币+1,VIP+0):Thanks
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
|
楼上正解。 对于你的第一个问题，其实这三个指的都是一个问题，那就是小分子的柔性，在autodock中，小分子的柔性主要取决于这个所谓的torsions(即rotatable bonds)，默认情况下，autodock选择所有的可旋转键作为柔性进行计算，如果你敢确定哪个键的旋转不起作用或是不重要，那么你就可以在set torsions的设定中重新点击设定哪一个不让他旋转，一般来说，不要轻易的去改变这个，除非很了解很确定。 至于你说的fewest和most，我自己做的因为都单体对接，所以时间不是问题，最多也就一天吧，当然选most atoms了，其实都是定义的配体柔性 |
5楼2008-08-01 18:22:22
